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[GROMACS] 跑NPT系综4710个原子的电解液体系,mdp文件的参数如何确定?

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想请教一下sob老师及 各位大佬,针对包含有4710个原子的电解液体系(其中包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子),
使用gromacs对该体系跑NPT系综,其mdp文件的参数应如何确定呀,请问有相关的参考吗,我使用如下的mdp模板跑有没有问题呢?恳请各位解答一下

md_heat_NPT.mdp (786 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 41)


以下是top文件及能量最小化后的结构文件:
#em.gro.1# (207.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) F2No4S2-.itp (4.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) Li.itp (217 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5) No3-.itp (1.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) THP.itp (13.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) topol.top (4.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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发表于 Post on 2025-9-8 13:42:59 | 只看该作者 Only view this author
当前mdp没明显问题。培训里给的NPT模板对于一般的均相分子液体都是普适的。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里给了面相不同问题的海量模拟例子,“GROMACS的使用基础”一节也给了mdp设置的超级完整、系统的讲解。参考培训里的例子和对mdp讲解根据实际情况恰当设置mdp就完了,没法讲得更详细了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 16:33:43 | 只看该作者 Only view this author
好滴sob老师,我去年参加过了第15届培训班,但是我学的有些马虎,按照sob老师您的意思,对于手册上85页中file\mdp模板目录中的md_heat_NPT.mdp文件与md_NPT.mdp文件,应该先使用md_heat_NPT.mdp文件进行预平衡,然后再使用md_NPT.mdp文件进行产生相,这样一个md的过程就跑完了,我理解的对吗sob老师

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发表于 Post on 2025-9-8 19:43:51 | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-9-8 16:33
好滴sob老师,我去年参加过了第15届培训班,但是我学的有些马虎,按照sob老师您的意思,对于手册上85页中fi ...

是。但是能够达到平衡的时间和体系有密切联系,需要自行监控达到平衡的情况,必要时增加预平衡的时间再做产生相模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-10 09:58:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-8 19:43
是。但是能够达到平衡的时间和体系有密切联系,需要自行监控达到平衡的情况,必要时增加预平衡的时间再做 ...

好滴,了解了sob老师,还想请问一下sob老师,对于我这样的一个体系(总共4710个原子,包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子),跑NPT预平衡dt         = 0.002 ps  , nsteps     = 500000 ;然后NPT产生相dt= 0.002 ps , nsteps     = 5000000 ,这样的参数够嘛,请教sob老师有没有更合理的建议!

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发表于 Post on 2025-9-10 11:34:51 | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-9-10 09:58
好滴,了解了sob老师,还想请问一下sob老师,对于我这样的一个体系(总共4710个原子,包含有26 ...

没明显问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-10 11:48:38 | 只看该作者 Only view this author

好滴,谢谢sob老师的指点!

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发表于 Post on 2025-10-21 22:04:55 | 只看该作者 Only view this author
同学可以分享一下md_heat_NPT.mdp和md_NPT.mdp这两个文件吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-20 10:41:13 | 只看该作者 Only view this author
璃陌51129 发表于 2025-10-21 22:04
同学可以分享一下md_heat_NPT.mdp和md_NPT.mdp这两个文件吗

这两个哈 MD_NPT.txt (823 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 8)
md_NPT.mdp.txt (678 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7)


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