两个分子的结合能怎么算？

paitel · 发表于 Post on 2017-4-13 18:42:13

本帖最后由 paitel 于 2017-4-13 18:43 编辑

见图。是先分别算两个小的和结合后的大的，之后相减吗？
如果这样的话，无法体现它们容易形成，难断开的性质。
他们形成的过程是否有过渡态？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-13 18:46:38

大的能量减去两个片段的能量
过渡态可能有
本身结合能体现的就是热力学上的改变，并不体现是否易于发生这种动力学上的问题

paitel · 发表于 Post on 2017-4-13 19:54:16

本帖最后由 paitel 于 2017-4-13 20:00 编辑

sobereva 发表于 2017-4-13 18:46
大的能量减去两个片段的能量
过渡态可能有
本身结合能体现的就是热力学上的改变，并不体现是否易于发生这 ...

那该怎么做？
两个小分子，其中一个是掉了氢的，因为有空位，所以很容易和另外一个分子结合在一起，也就是说结合能小于解离能，导致它们易结合，难分离。
如果结合能不能体现这个过程，那有没有其它办法？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-14 00:23:08

paitel 发表于 2017-4-13 19:54
那该怎么做？
两个小分子，其中一个是掉了氢的，因为有空位，所以很容易和另外一个分子结合在一起，也就 ...

先优化出结合状态的结构，然后可以对那两个碳之间的距离做柔性扫描，如果有个极大点，并且看相应的结构觉得和过渡态有相似处，就拿它当初猜优化过渡态。然后再从过渡态跑IRC来体现结合过程轨迹，通过势垒考察结合难易

paitel · 发表于 Post on 2017-4-14 05:42:42

本帖最后由 paitel 于 2017-4-14 06:23 编辑

sobereva 发表于 2017-4-14 00:23
先优化出结合状态的结构，然后可以对那两个碳之间的距离做柔性扫描，如果有个极大点，并且看相应的结构 ...

再问件事，对这种两个分子结合结构扫描的时候，是否要加色散校正，加的话是用gd3还是gd3bj？
还有算结合能的时候，是否大的做结构优化时加了色散，两个小的都要加？

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-4-14 09:09:34

本帖最后由冰释之川于 2017-4-14 09:12 编辑

paitel 发表于 2017-4-14 05:42
再问件事，对这种两个分子结合结构扫描的时候，是否要加色散校正，加的话是用gd3还是gd3bj？
还有算结合 ...

算结合能时：若要考虑色散，则必须都要加，否则减出来的数值没意义。对于优化结构，你最好也统一加上色散校正。

paitel · 发表于 Post on 2017-4-14 20:52:01

多谢楼上两位！

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-14 20:53:02

paitel 发表于 2017-4-14 05:42
再问件事，对这种两个分子结合结构扫描的时候，是否要加色散校正，加的话是用gd3还是gd3bj？
还有算结合 ...

对此问题用不着加，加了丝毫没坏处又不要钱，加就加GD3BJ

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