求助：淀粉的pdb文件，改了残基名之后，在ambertools中生成拓扑时报错

weifang · 发表于 Post on 2025-9-19 15:17:15

本帖最后由 weifang 于 2025-9-19 15:21 编辑

由于我想在gromacs中对淀粉片段进行动力学模拟，但不改淀粉的残基名会在gromacs中显示三个组别，所以想统一淀粉的残基名以在gromacs中显示一个组别
在amberools的tleap模块中生成淀粉片段的拓扑文件时，改了其残基名之后，在check starch这一步时报错
淀粉片段显示有三个残基名：ROH 4GA 0GA

改了残基名为GLC

报错显示

gromacs中淀粉被分为了三个组别

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-19 15:31:31

本帖最后由 student0618 于 2025-9-19 16:13 编辑

其实最简单的是不要手动改名字，gromacs用gmx make_ndx把他们分同一组，之后要用-n 该index file选那一组就可以了。

weifang · 发表于 Post on 2025-9-19 16:43:58

不知道为什么我用gmx make_ndx去组合的时候，输入2|3|4，组合不上，再一次输gmx make_ndx的时候还是没有这个组

enthalpy · 发表于 Post on 2025-9-19 19:17:58

本帖最后由 enthalpy 于 2025-9-19 19:19 编辑

weifang 发表于 2025-9-19 16:43
不知道为什么我用gmx make_ndx去组合的时候，输入2|3|4，组合不上，再一次输gmx make_ndx的时候还是没有这 ...

gmx make_ndx 输入 2-4 就可以。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 求助：淀粉的pdb文件，改了残基名之后，在ambertools中生成拓扑时报错

浏览过的版块