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[GROMACS] 关于固液体系拉伸模拟的疑问

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各位老师好,我想模拟聚合物链限域在COF框架中的拉伸模拟,我应该采用NPT系综来拉伸还是NVT系综呢,一般这种体系COF都是要完全冻结的,采用NVT系统的话,盒子的XY面是保持不变的,只有Z轴方向在拉伸,可是这样是不是就没法体现聚合物链的拉伸变形情况呢?我没有加COF的体系是打算用NPT系综,这样盒子在拉伸过程中XY面也会逐渐变小,符合实际情况。这种固液界面体系的拉伸应该怎么处理比较好呢?

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发表于 Post on 2025-9-21 03:05:04 | 只看该作者 Only view this author
你的截图里COF平行于YZ面,但你说的是XY面保持不变,怀疑你是否描述有误
如果垂直于COF deform盒子,由于有COF撑着,即便NPT模拟,平行于COF方向的盒子尺寸也不会有什么明显变化
力场合适的情况下,完全没有冻结COF的必要,也不该冻结
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-21 11:01:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-21 03:05
你的截图里COF平行于YZ面,但你说的是XY面保持不变,怀疑你是否描述有误
如果垂直于COF deform盒子,由于 ...

谢谢卢老师,我描述错了,这个体系是沿着X轴拉伸。好的,那我就不冻结COF,还是采用NPT进行拉伸试试!

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