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[GROMACS] 如何找到gmx命令的计算原理

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今天想找到gmx mindist计算两组最小距离的原理/方式,意思就是:计算最短距离是两个组有原子在一定范围内接触了就算吗,是根据范德华半径判断吗?可是在user guide的command-line reference 部分的说明很简洁,没有涉及原理,在网上搜索的时候发现有说manual里面有,附了一张截图如下

可我在user guide的reference manual部分也没有找到,所以想请问一下各位老师,是应该去哪里的网址查找这部分内容呢

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2#
发表于 Post on 2025-9-24 23:54:44 | 只看该作者 Only view this author
跟范德华半径毫无关系

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里讲了例子




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-25 09:00:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-24 23:54
跟范德华半径毫无关系

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里讲了例子

收到,谢谢老师,所以其实最完整的说明就在comman-line reference部分了是吗

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