生物分子co-folding工具boltz-2试用心得 (2025年9月)

student0618

happy青青 发表于 2026-3-3 20:02
巧了这篇文献我昨天也看到了，但没有理解里面的核心思想

先前快速读一遍的理解如下：

1. Affinity prediction 表现理想，对和training system很不同的体系也能分辨出active和inactive的分子；
2. Affinity结果对binding pose 不敏感，就算pose很烂affinity也可以很好；
3. 因此，这affinity的物理意义成疑。

我所理解Boltz-2的pose prediction和affinity 模型是分开的，论文的质疑算是合理。

happy青青

谢谢你的分享，针对第二点 "Affinity结果对binding pose 不敏感，就算pose很烂affinity也可以很好"
这也太疑惑了吧，难道说这种打分给出的affinity不怎么参考对接的pose？这和我理解的通过判断 受体配体是否形成各种键来打分 的理念 差别很大啊。

student0618

happy青青 发表于 2026-3-9 09:57
谢谢你的分享，针对第二点 "Affinity结果对binding pose 不敏感，就算pose很烂affinity也可以很好"
这也太 ...

这篇文章的作者也有同一疑惑，

On the negative side, the affinity predictions are insensitive
to the quality of ligand poses, which often deviate significantly
from the expected ground-truth.

We could not rationally explain how Boltz-2 manages to achieve good binary
classification of binders vs nonbinders, in the absence of
statistical correlation between predicted and experimental
binding affinities, and from poor ligand poses.

这问题应该要留待Boltz-2开发者解答了。