多分子体系模拟怎么修复轨迹

milk_q · 发表于 Post on 2025-10-7 20:46:59

我的体系中有十个大分子和3个小分子，模拟从轨迹上看分子会出现平动和转动
尝试了-pbc nojump+-pbc mol+ -fit rot+trans选择MOL组还是会频繁平动加转动
求助一下大家多分子体系要怎么消除平动转动

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-7 21:34:22

尝试 pbc mol -> pbc cluster -> fit progressive (如果大分子整体较稳定，选大分子(骨架)的组)

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[GROMACS] 多分子体系模拟怎么修复轨迹