Autodock对接，受体蛋白中有金属钼原子且属于辅因子，对接时显示有氧原子未成键

第三片雪花

求助各位老师，我最近用Autodock 4.2.6做分子对接，受体蛋白黄嘌呤氧化酶（RCSB PDB: Homepage，编号：1N5X）中有金属钼原子且属于辅因子，位于活性位点，不可删除。对接步骤按照b站up主DS医学生的讲解进行，处理酶时仅删除了配体TEI（此酶有5个配体或辅因子，能删除的仅有TEI这一个），但与小分子多肽对接时却出现了如下问题：


显示"发现氧原子未与其他原子成键”，但我处理时添加了氢，请问有没有人也遇到过这种问题？这种问题该如何解决？

student0618

首先Autodock不适合用作多肽对接，它不能处理好peptide bond。应找专门工具如CABS-dock, lightdock, HADDOCK等，或直接用alphafold/boltz等。

第三片雪花

我的短肽仅5、6个氨基酸残基，请问用哪种比较好呢？

第三片雪花

student0618 发表于 2025-10-10 12:10
首先Autodock不适合用作多肽对接，它不能处理好peptide bond。应找专门工具如CABS-dock, lightdock, HADDOC ...

我的短肽仅5、6个氨基酸残基，请问用哪种比较好呢？

student0618

第三片雪花 发表于 2025-10-10 17:10
我的短肽仅5、6个氨基酸残基，请问用哪种比较好呢？

各软件的优点缺点、使用条款应自己了解清楚再作选择。

非商业用途全都试其实也不难。