求助多肽链的RMSD和Rg分析

liuyun001 · 发表于 Post on 2025-10-10 17:02:39

您好，老师。我固定三条相同多肽链的一端，间距40nm进行模拟，分别给三条多肽链都建立了索引，想问一下分析RMSF时是直接选其中一条，再选一条进行分析吗？RMSD和Rg也是一样吗？求解答！图1是RMSD模拟（17、18、19是建立的索引），图2是Rg分析。

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-10 17:05:49

目的是甚么？

liuyun001 · 发表于 Post on 2025-10-10 17:13:20

student0618 发表于 2025-10-10 17:05
目的是甚么？

是看三条多肽的变化，本来是直链，根据距离远近调整，达到我想要的结构。

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-10 18:37:00

目的是考察三链结合后是否稳定的话就三条链一起算Rg变化。

目的是考察其他链对其中一条的影响就分别算。

目的是对不同结合方式采样、或是想出现稳定二级结构的话，很可能要增强采样，也要选对力场。

liuyun001 · 发表于 Post on 2025-10-10 21:53:10

student0618 发表于 2025-10-10 18:37
目的是考察三链结合后是否稳定的话就三条链一起算Rg变化。

目的是考察其他链对其中一条的影响就分别算。 ...

有点明白了，感谢老师。

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