如何模拟Cu(II)盐的多聚行为

WaterMirror · 发表于 Post on 2025-10-14 17:59:28

本帖最后由 WaterMirror 于 2025-10-14 18:08 编辑

尊敬的各位老师好:

      我想观察Cu(II)盐Cu(OTf)2在甲苯中的可能的存在形式。用QM计算了单体，二聚体（包括单重态和三重态）的自由能。但是我想到不光有二聚体，还可能存在四聚体等等多聚体，这是我很难一个一个去建模然后用QM方法计算的。我想尝试用GMX去模拟，但是学长跟我说GMX的话，拓扑定了，一个物种不会变成另一个物种的，只会非键作用下相互吸引，没法模拟成键和断键以及这种多聚物的生成。那请问有没有什么QM或者MD的方法能去模拟呢？就是我想的是直接把Cu(OTf)2和甲苯放在一个盒子里面，然后用某种方法能模拟出来Cu(II)盐自发的多聚行为，让我可以根据这个模拟结果说明Cu(II)盐应该是以几聚体的形式存在。

      因为不知道应该发在分子模拟板块还是量子化学板块，所以先发在量子化学板块了。

      谢谢各位老师。

wal · 发表于 Post on 2025-10-14 19:52:32

感觉应该发MM区
你的多聚体会成键吗？我们方向也研究聚集体，但都是非键作用。
如果你的东西要成键才能聚集，或许有一个解决途径是AIMD

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-10-14 21:43:38

Cu(OTf)2能溶于甲苯吗？会不会加了配位性底物才能溶

WaterMirror · 发表于 Post on 2025-10-14 22:38:45

wal 发表于 2025-10-14 19:52
感觉应该发MM区
你的多聚体会成键吗？我们方向也研究聚集体，但都是非键作用。
如果你的东西要成键才能聚 ...

多聚体肯定会成键的.....三幅甲磺酸根作为桥连配体

那请问用AIMD是不是要QM/MM了？Cu(OTf)2用QM，甲苯用MM模拟.....

WaterMirror · 发表于 Post on 2025-10-14 22:41:33

wzkchem5 发表于 2025-10-14 21:43
Cu(OTf)2能溶于甲苯吗？会不会加了配位性底物才能溶

是的王老师您太厉害了！要加配位性的底物。所以其实真正完整的问题是两个：

就是在底物配体的存在下，Cu物种的存在形式是什么？以及和底物是怎么配位的？

所以我其实最想做的是把Cu(OTf)2，底物，甲苯一起放到盒子里面搞一个大杂烩，然后用某种方法给出一个形成的某种结构/某种聚合度的配合物作为反应的零点或者说起始点......

lanthanum · 发表于 Post on 2025-10-15 00:34:47

本帖最后由 lanthanum 于 2025-10-15 00:36 编辑

“模拟出来Cu(II)盐自发的多聚行为”，这个就是构型搜索嘛，用 https://zhjun-sci.com/abcluster.html 这个软件应该是最合适的。

reid · 发表于 Post on 2025-10-15 20:12:27

WaterMirror 发表于 2025-10-14 22:41
是的王老师您太厉害了！要加配位性的底物。所以其实真正完整的问题是两个：

就是在底物配体的存在下 ...

MM和AIMD应该都行，AIMD建议跑的时间长一点

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-15 21:12:07

“Cu(OTf)2，底物，甲苯一起放到盒子里面搞一个大杂烩” ，且不知道会发生如何成键/断键，这种事应当交给CP2K干，做AIMD（图省时用GFN1-xTB）。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）专有一节“第一性原理动力学”，详细讲了怎么做，可以快速上手跑起来。

至于你一开始的问题

用QM计算了单体，二聚体（包括单重态和三重态）的自由能。但是我想到不光有二聚体，还可能存在四聚体等等多聚体，这是我很难一个一个去建模然后用QM方法计算的

最推荐使用molclus结合genmer做构型搜索，看
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

lanthanum · 发表于 Post on 2025-10-16 08:01:09

reid 发表于 2025-10-15 20:12
MM和AIMD应该都行，AIMD建议跑的时间长一点

其实不需要MM或AIMD，楼主这个问题就是找团簇全局极小点，不论最后是几聚体，初猜用genmer多放几个单体（比如10个），用molclus或crest跑成几聚就几聚。或者用ABCluster这个软件，直接搜团簇全局极小点。

reid · 发表于 Post on 2025-10-17 22:31:52

lanthanum 发表于 2025-10-16 08:01
其实不需要MM或AIMD，楼主这个问题就是找团簇全局极小点，不论最后是几聚体，初猜用genmer多放几个单体（ ...

因为需要放入溶剂中，所以最好还是动力学

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