GROMACS分子动力学模拟性能的问题

AlexTaylor

再服务器中运行，cpu是Intel(R) Xeon(R) Platinum 8490H，gpu是H100，蛋白质有6000多原子，分子动力学模拟命令行是：gmx mdrun -deffnm md -v -nb gpu -pme gpu -bonded gpu -ntmpi 1 -ntomp 48 -gpu_id 0，为什么一天只能模拟124ns：

               Core t (s)   Wall t (s)        (%)
       Time:  3334360.247    69465.864     4800.0
                         19h17:45
                 (ns/day)    (hour/ns)
Performance:      124.378        0.193

sobereva

信息不充分。通常模拟蛋白质都要加显式水，水的总原子数远多于蛋白质本身。而且也没个mdp，没计算细节根本没法评论速度

当前用的命令本身并无问题

AlexTaylor

sobereva 发表于 2025-10-15 20:49
信息不充分。通常模拟蛋白质都要加显式水，水的总原子数远多于蛋白质本身。而且也没个mdp，没计算细节根本 ...

感谢大佬回复消息，体系中水数目为262371，远远多于蛋白质本身。md阶段mdp文件内容如下：
; Run control
integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 25000000
comm-mode               = Linear
nstcomm                 = 100
comm-grps               = Protein Non-Protein

; Output control
nstxout                 = 0
nstvout                 = 0
nstfout                 = 0
nstxout-compressed      = 10000
compressed-x-precision  = 1000
compressed-x-grps       = System
nstenergy               = 10000
nstlog                  = 10000
nstcalcenergy           = 1000

; Neighbor searching
cutoff-scheme           = Verlet
nstlist                 = 40
rlist                   = 1.3
rvdw                    = 1.2
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
fourierspacing          = 0.14
pme-order               = 4
ewald-rtol              = 1e-5

; Temperature coupling
tcoupl                  = nose-hoover
tc-grps                 = Protein Non-Protein
tau_t                   = 1.0   1.0
ref_t                   = 310   310

; Pressure coupling
pcoupl                  = Parrinello-Rahman
pcoupltype              = isotropic
tau_p                   = 2.0
ref_p                   = 1.0
compressibility         = 4.5e-5

; Velocity generation
gen_vel                 = no

; Bonds
constraints             = all-bonds
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter              = 1
lincs_order             = 4

; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz

; Dispersion correction
DispCorr                = EnerPres

sobereva

AlexTaylor 发表于 2025-10-17 10:59
感谢大佬回复消息，体系中水数目为262371，远远多于蛋白质本身。md阶段mdp文件内容如下：
; Run control ...

体系都差不多80万原子了，还指望能跑多快