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[GROMACS] 如何使用多个来源的力场文件与参数对一个模拟盒子分配力场参数

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使用GROMACS,我的模拟体系共有三个成分,乙二醇,PEDOT:PSS,mxene。乙二醇使用GAFF力场,直接使用GROMACS就可以确定力场参数,PEDOT:PSS使用GAFF优化的力场,有对应的力场文件,mxene的力场参数可以从文献中找到。我该如何使用这些文件或者参数来形成拓扑文件呢,
谢谢大家

202510191420144002..png (64.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

mxene力场参数

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202510191419465764..png (36.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

PEDOT:PSS力场文件

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发表于 Post on 2025-10-20 01:28:39 | 只看该作者 Only view this author
说清楚PEDOT:PSS是什么东西,那些拓扑文件是哪来的

“乙二醇使用GAFF力场,直接使用GROMACS就可以确定力场参数”描述不当。GROMACS没有产生小分子拓扑文件的功能,需要用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)等程序产生

“PEDOT:PSS使用GAFF优化的力场”描述不当,GAFF力场参数不可能专门给你这个体系优化出来,参数是原文里发表的

用sobtop产生PEDOT:PSS和GAFF的拓扑文件,对于MXene自行在sobtop的assign_AT.dat里添加规则,用sobtop产生MXene的拓扑文件。最后把三个部分的itp都恰当include到主top里。如果对这些基本过程都不了解,可以通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)一次性完整学习,之后就能顺利处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 21:13:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-20 01:28
说清楚PEDOT:PSS是什么东西,那些拓扑文件是哪来的

“乙二醇使用GAFF力场,直接使用GROMACS就可以确定力 ...

谢谢提醒,目前使用sobtop产生MXene的拓扑文件,但是发现出现钛元素之间直接成键的现象,修改assign_AT.dat里添加规则如下,该如何解决呢,我的原子数目很多,手动删除很难操作
$Ti_inner 0.68
bond -2 C
dist 0.6-2.3 C
element Ti

$Ti_outer 0.88
bond -2 C -2 O
dist 0.6-2.3 C  0.6-2.3 O
element Ti

$C_mx -0.76
element C

$O_mx -0.79
element O

$H_mx 0.35
element H

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 21:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-20 01:28
说清楚PEDOT:PSS是什么东西,那些拓扑文件是哪来的

“乙二醇使用GAFF力场,直接使用GROMACS就可以确定力 ...

PEDOT:PSS参数是原文里发表的,但是参数特别多,一个个转换成bonded_param.dat里面的参数很麻烦,有没有快捷的转换方式,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 22:21:20 | 只看该作者 Only view this author
施潇虎 发表于 2025-10-20 21:13
谢谢提醒,目前使用sobtop产生MXene的拓扑文件,但是发现出现钛元素之间直接成键的现象,修改assign_AT.d ...

    1       4         1        0.308552     2.500000E+05     ; Ti0-Ti1 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
    1       9         1        0.308502     2.500000E+05     ; Ti0-Ti4 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
    1      12         1        0.308552     2.500000E+05     ; Ti0-Ti5 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
    1      14         1        0.308500     2.500000E+05     ; Ti0-Ti6 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
    1      41         1        0.308502     2.500000E+05     ; Ti0-Ti20 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed
    1      49         1        0.308500     2.500000E+05     ; Ti0-Ti24 (Ti_inner-Ti_inner) missing and simply guessed

可以看到形成的钛钛键,但是sobtop的说明跟示例里没有办法来避免形成这个键

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发表于 Post on 2025-10-20 23:07:30 | 只看该作者 Only view this author
施潇虎 发表于 2025-10-20 21:15
PEDOT:PSS参数是原文里发表的,但是参数特别多,一个个转换成bonded_param.dat里面的参数很麻烦,有没有 ...

我都强调了让你说明PEDOT:PSS到底指什么
如果是有机分子,直接用sobtop产生GAFF的拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-20 23:08:02 | 只看该作者 Only view this author
施潇虎 发表于 2025-10-20 22:21
1       4         1        0.308552     2.500000E+05     ; Ti0-Ti1 (Ti_inner-Ti_inner) missing ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop里面明确说了sobtop是如何判断的成键关系
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sobereva 发表于 2025-10-20 23:07
我都强调了让你说明PEDOT:PSS到底指什么
如果是有机分子,直接用sobtop产生GAFF的拓扑文件

PEDOT:PSS是有机聚合物,是由PEDOT,PSS组成,我不使用CAFF是因为PEDOT是存在双极化子,我不确定GAFF能不能准确表达(刚入门学习不久),所以想直接使用文献中的专门调整的力场参数

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发表于 Post on 2025-10-21 05:59:56 | 只看该作者 Only view this author
施潇虎 发表于 2025-10-21 00:04
PEDOT:PSS是有机聚合物,是由PEDOT,PSS组成,我不使用CAFF是因为PEDOT是存在双极化子,我不确定GAFF能 ...

GAFF不叫CAFF
凡是普通有机物,无论是一般分子还是聚合物,GAFF都能合理描述
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-21 22:01:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-20 23:08
http://sobereva.com/soft/Sobtop里面明确说了sobtop是如何判断的成键关系

你好,还是无法成功,主要通过nbond 6 bond 1 C 1 C 1 O 1 O 1 O 1 C来确保钛元素与钛元素不成键,但是只要设置nbond 6就无法识别出这些钛原子,不使用nbond 6可以识别出来,但是又会形成钛钛键

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施潇虎 发表于 2025-10-21 22:01
你好,还是无法成功,主要通过nbond 6 bond 1 C 1 C 1 O 1 O 1 O 1 C来确保钛元素与钛元素不成键,但是只 ...

assign_AT.dat定义的是基于当前的链接关系怎么判断原子类型,而不是决定成键关系
成键关系要么从mol2读,要么根据结构sobtop自动猜(可以定义距离阈值),网页里明确说了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-21 22:30:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-21 22:08
assign_AT.dat定义的是基于当前的链接关系怎么判断原子类型,而不是决定成键关系
成键关系要么从mol2读 ...

明白了,使用bondcrit定义,谢谢

本版积分规则 Credits rule

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