计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 233|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:相分离模拟不能贴合实验

[复制链接 Copy URL]

42

帖子

0

威望

271

eV
积分
313

Level 3 能力者

本帖最后由 oillio 于 2025-10-21 10:08 编辑

各位老师们好,我现在想模拟一下实验中合成的某有机物在水中的相分离现象。水模型用的是OPC,描述有机物尝试过GAFF2力场结合RESP2电荷;OPLS-AA力场结合1.2*CM5电荷、1.14*CM1A-LBCC电荷,但结果总是不尽人意,没有一种方法能贴近实验现象:要么是原本应该呈两相的二者分相不明显,要么是该呈单相的温度下有机物却大量聚集。想求助各位老师:我接下去应该继续尝试别的力场/电荷吗?老师们有没有推荐?谢谢老师解答。

补充:这是GAFF2力场结合RESP2(0.5)电荷跑出来的体系,在此条件下应该呈单相,但有机物却聚集了

图片1.png (845.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图片1.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-10-20 23:37:51 | 只看该作者 Only view this author
说清楚有机物的具体特征
并且说明RESP2的具体计算细节,是RESP2(0.5)还是其它什么、什么量子化学级别下产生的波函数然后用Multiwfn算的、隐式溶剂模型表现的什么溶剂。如果体系有多种构象,还必须说清楚什么构象下算的。但凡说RESP/RESP2电荷的时候一定要完整说清楚计算细节,直接影响结果
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

271

eV
积分
313

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-21 09:45:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-20 23:37
说清楚有机物的具体特征
并且说明RESP2的具体计算细节,是RESP2(0.5)还是其它什么、什么量子化学级别下产 ...

好的老师。
我的有机物是含有手性的酰胺分子。有脂环,还有羟基基团。
我采用的是RESP2(0.5)  在Multiwfn中的计算细节:
# b3lyp/tzvp em=gd3bj  opt
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ geom=allcheck
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf=solvent=water geom=allcheck
得到solv.chk和gas.chk后用Formchk转化为fchk格式,然后在Gaussian中输入7/18/1,得到两个chg文件后用excel取平均,得到电荷。

请老师赐教!谢谢老师。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-10-21 21:51:35 | 只看该作者 Only view this author
如果两种情况实验现象对应不同温度,模拟时候把温度差异拉大点,毕竟不管什么力场都有都不完全准确,模拟相分离温度的临界点肯定也有误差
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 07:33 , Processed in 0.171518 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list