求助：去除周期性边界条件后RMSD在后段仍然增高是什么原因？

学不会太难啦

求助各位大佬，我MD跑的是一个四条链的蛋白，获得了很奇怪的RMSD结果。并且在去除pbc后仍然有很诡异的升高。


去除pbc前：

去除pbc后：


使用的代码：
gmx trjconv -s MD.tpr -f MD.xtc -pbc nojump -o s1.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s1.xtc -pbc cluster -o s2.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s2.xtc -center -o s3.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s3.xtc -fit rot+trans -o PL_fit_on_Protein.xtc -n index.ndx
是我还没有去除完全吗？


还是蛋白最后不稳定了？那我能否认为前50ns是稳定的，然后选取前50ns的数据作为最后的结果？


谢谢！

tptp

四条链蛋白直接去除周期性之后你观察轨迹也能发现后面依然有一些蛋白在跳跃，这种情况你应该拿最原始的轨迹，手动找出四条链最中间的一个原子，以全局的原子序号记录，然后创建index文件，命令是a ****，这个****就是你的最中间的这个原子的全局序号，然后q退出。居中的时候以这个组来居中就好了

学不会太难啦

tptp 发表于 2025-10-21 10:47
四条链蛋白直接去除周期性之后你观察轨迹也能发现后面依然有一些蛋白在跳跃，这种情况你应该拿最原始的轨迹 ...

感谢！我去试一下！