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[GROMACS] 进行酶固定化模拟,如何将二氧化硅载体进行硅烷化?

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本帖最后由 784539690 于 2025-10-29 17:05 编辑

我是使用Si–OH + Cl–Si(CH₃)₃ → ≡Si–O–Si(CH₃)₃+ HCl该反应,进行二氧化硅载体的改性,现在已经参考Sobtop的例9,成功生成了二氧化硅的pdb和拓扑文件,现在想请教,使用什么软件和方法将二氧化硅的氧原子接上硅原子和在硅原子上接上三个甲基。

sio2.png (652.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sio2.png

羟基化二氧化硅.png (270.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

羟基化二氧化硅.png

SiO2_3x3x3H.pdb

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LJ_param.dat

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assign_AT.dat

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bonded_param.dat

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发表于 Post on 2025-10-24 02:53:46 | 只看该作者 Only view this author
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-29 17:04:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 784539690 于 2025-10-29 17:11 编辑
sobereva 发表于 2025-10-24 02:53
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还想问问老师,我对羟基化二氧化硅使用sobtob生成拓扑文件时,用1,5指认原子类型,但是还是显示表面氧(蓝色)和六个硅原子(黄色)这21个原子“21 atoms do not have atom type currently”,请问原因是什么。我已对表面氧进行了相关定义,相关参数文件已上传。

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发表于 Post on 2025-10-30 08:45:10 | 只看该作者 Only view this author
没有叫sobtob的东西


对于sobtop,要么没让sobtop正确获得原子间连接关系(sobtop怎么获得连接关系在http://sobereva.com/soft/Sobtop里说得很清楚),要么AT_assign.dat没写对。反复检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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