求助：多肽和细菌膜模拟400ns在最后几帧多肽离开膜表面

boyading

在进行多肽与细菌膜的模拟得到了gro和xtc文件，用脚本gmx trjconv -f step7_production.gro -s step7_production.tpr -o md_nowat.gro -n index.ndx -pbc mol

gmx trjconv -f step7_production.xtc -s step7_production.tpr -o md_nowat.xtc -n index.ndx -pbc mol处理之后，发现多肽在最后几帧远离膜而且在膜上下跳动出现，请问是什么原因导致的？

日志是显示最后出现了不稳定的结构吗？

           Step           Time

      199100000   398200.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.60194e+04    8.38595e+04    6.52764e+04    6.34166e+02   -7.57179e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.29845e+04    1.26922e+05    6.01070e+04   -1.50956e+06    5.15665e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13868e+06    2.89993e+05   -8.48682e+05    1.66605e+07    3.03217e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    5.41704e+01    3.63312e-06

           Step           Time

      199200000   398400.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.66507e+04    8.43629e+04    6.49010e+04    6.59376e+02   -4.47590e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.27453e+04    1.27843e+05    6.02020e+04   -1.50864e+06    5.14114e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13618e+06    2.90250e+05   -8.45926e+05    1.66694e+07    3.03486e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

   -1.37429e+02    3.63650e-06

           Step           Time

      199300000   398600.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.64092e+04    8.44922e+04    6.47054e+04    7.10945e+02   -7.22261e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.29175e+04    1.26833e+05    5.89707e+04   -1.50688e+06    5.00082e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13692e+06    2.91408e+05   -8.45508e+05    1.66781e+07    3.04696e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    1.01251e+01    3.68815e-06

Writing checkpoint, step 199365400 at Wed Oct 22 14:15:04 2025

           Step           Time

      199400000   398800.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.61779e+04    8.33606e+04    6.53417e+04    6.51282e+02   -7.46108e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.29413e+04    1.27075e+05    6.03576e+04   -1.50855e+06    5.04959e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13767e+06    2.88843e+05   -8.48827e+05    1.66869e+07    3.02015e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    1.74479e+02    3.69328e-06

           Step           Time

      199500000   399000.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.64143e+04    8.40088e+04    6.45304e+04    6.10348e+02   -5.77784e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.27883e+04    1.27868e+05    6.10017e+04   -1.51003e+06    4.94226e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13792e+06    2.90247e+05   -8.47675e+05    1.66958e+07    3.03482e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    8.84313e+01    3.71435e-06

           Step           Time

      199600000   399200.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.58197e+04    8.40882e+04    6.52720e+04    6.47958e+02   -5.28655e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.27638e+04    1.26790e+05    5.97268e+04   -1.50756e+06    4.98318e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13753e+06    2.89795e+05   -8.47730e+05    1.67045e+07    3.03010e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    3.63599e+01    3.72897e-06

           Step           Time

      199700000   399400.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.61669e+04    8.42660e+04    6.51377e+04    7.06687e+02   -5.81579e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.31233e+04    1.27317e+05    5.87602e+04   -1.50618e+06    5.15512e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13561e+06    2.89434e+05   -8.46171e+05    1.67134e+07    3.02633e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

   -1.22480e+02    3.65040e-06

Writing checkpoint, step 199781900 at Wed Oct 22 14:30:04 2025

           Step           Time

      199800000   399600.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.62065e+04    8.40609e+04    6.46725e+04    7.01784e+02   -3.96978e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.27491e+04    1.26788e+05    5.81694e+04   -1.50653e+06    5.12706e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13809e+06    2.89419e+05   -8.48674e+05    1.67223e+07    3.02617e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    3.95109e+00    3.68453e-06

           Step           Time

      199900000   399800.00000

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.66243e+04    8.41650e+04    6.49893e+04    6.19477e+02   -4.30919e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.29324e+04    1.27113e+05    5.95721e+04   -1.50442e+06    5.13644e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13331e+06    2.89694e+05   -8.43614e+05    1.67312e+07    3.02904e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

    2.44680e+01    3.68122e-06

           Step           Time

      200000000   400000.00000

Writing checkpoint, step 200000000 at Wed Oct 22 14:37:55 2025

   Energies (kJ/mol)

           Bond            U-B    Proper Dih.  Improper Dih.      CMAP Dih.

    1.63211e+04    8.43507e+04    6.50654e+04    6.64856e+02   -5.70809e+01

          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.

    1.28909e+04    1.26843e+05    5.70648e+04   -1.50256e+06    5.05957e+03

      Potential    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature

   -1.13436e+06    2.89755e+05   -8.44602e+05    1.67400e+07    3.02968e+02

Pressure (bar)   Constr. rmsd

   -2.41802e+02    3.71154e-06

初始帧：

991帧：

992帧

997帧

998帧：

student0618

先trjconv处理好轨迹pbc，或者vmd 看其他image多肽在哪。