求助模拟蛋白质和小分子复合物，rmsd计算中的周期性问题

lxhpdx

我使用以下md.mdp文件模拟蛋白质和小分子复合物，已经设置蛋白质和小分子为质心，但计算rmsd值时仍然含有瞬时波动。


使用以下命令计算
gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein_lig.xvg


猜测可能是因为pbc问题。将视频录制在bili网站2025_11_19_13_49_45_309_哔哩哔哩_bilibili
后续使用gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_noPBC.xtc -pbc mol -center -n index.ndx将蛋白和小分子复合物保持为中心，得到的rmsd值仍没有改变，请问社长这种情况该如何处理？

sobereva

这种事一律结合VMD显示的轨迹动画看，必须把盒子边框显示出来，弄清楚是怎么跨的盒子
至于怎么处理，下文中RMSD部分该说的都说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

lxhpdx

sobereva 发表于 2025-11-19 23:59
这种事一律结合VMD显示的轨迹动画看，必须把盒子边框显示出来，弄清楚是怎么跨的盒子
至于怎么处理，下文 ...

老师，我已经用vmd录制视频2025_11_20_09_14_14_555_哔哩哔哩_bilibili，发现并没有分子存在周期性问题。
取关键帧做叠合70500.0000000    0.2999533  、71000.0000000    0.6620446如下图

发现小分子有偏移。
反观rmsd值的变化只有0.4nm左右，是否是因为小分子的构象反复变化导致，并非是pbc周期性问题？
请社长指导一下