含氮原子的有机体系在gaff力场下二面角参数问题

huangzi · 发表于 Post on 2025-11-19 22:10:16

含氮原子的有机体系在生成.itp文件时缺失了几个二面角项，在老师的帮助下从文献中找到了相关参数，想把它们补充到.itp文件中，但遇到了几个问题，希望老师们指点一下，非常感谢！！

1.文献中对同一个二面角有好几组参数，想问一下老师们应该选择哪个作为我补充的？

2.在itp文件中[ dihedrals ]中有一项是 functype，文献中其函数形式如图所示，我查阅了资料，看到符合functype=1时形式，想问一下老师们我的理解准确吗

enthalpy · 发表于 Post on 2025-11-19 22:52:20

一个二面角可能要用到多个三角函数描述才能描述，这很正常的。你生成的itp中y也有类似的例子。

sobereva · 发表于 Post on 2025-11-20 00:23:38

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，直接把文献里的参数手动加入到bonded_param.dat里（如果GAFF本身定义了相应情况的二面角项，删除原本自带的）。bonded_param.dat里的$DIHEDRAL部分的注释行直接给了当前用的二面角项函数形式，对照便知

huangzi · 发表于 Post on 2025-11-20 22:02:08

sobereva 发表于 2025-11-20 00:23
建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，直接把文献里的参数手动加入到bonde ...

sob老师，在我整理过程中，我看到bonded_param.dat中有两栏分别为IDIVF和PK但我文献里面没有列出这两项，文献里只有n(PN)和Vn的值。之后我查阅资料得知文献中和dat中两种计算二面角函数方法中。其实(PK/IDIVF)=Vn,我是不是可以直接在缺少参数的itp文件中，将表中Vn的值写到itp文件的kd处，同时直接修改不太恰当的地方，而不用添加到bonded_param.dat中去，因为文献计算二面角时没有给出PK和IDIVF，十分感谢老师

huangzi · 发表于 Post on 2025-11-20 22:02:36

enthalpy 发表于 2025-11-19 22:52
一个二面角可能要用到多个三角函数描述才能描述，这很正常的。你生成的itp中y也有类似的例子。

老师意思是我直接全写到itp文件中去吗

sobereva · 发表于 Post on 2025-11-21 03:47:46

huangzi 发表于 2025-11-20 22:02
sob老师，在我整理过程中，我看到bonded_param.dat中有两栏分别为IDIVF和PK但我文献里面没有列出这两项， ...

bonded_param.dat里把IDIVF设1就完了

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