Linux系统下用于Materials Studio计算催化反应过渡态的计算机配置...

QieMinmin · 发表于 Post on 2025-11-21 23:11:22

各位老师：
组里最近想购置一台服务器当计算工作站，计划安装Linux系统，由于linux下的相关维护和解决问题的能力不是很好，希望服务器尽量以稳定为主。主要用Materials Studio软件中Dmol3模块，进行催化反应机理研究，对100个左右原子进行模拟计算。我参考了Sobereva老师给出的配置建议http://sobereva.com/444，并咨询了淘宝商家，给出了如下配置①AMD EPYC 7R32。但是MS官方手册建议使用Intel系列CPU,网上也有好多讨论说MS软件还是要用Intel的CPU兼容性和效果更好，我也咨询了Intel系列的配置，价格大概翻了一倍，如图配置②。因此，我有以下两点困惑希望能得到各位老师的解答：①我主要用MS软件，为了稳定和高效，需要针对性选择Intel的CPU吗，还是AMD的CPU也可以，②如果选择AMD的，那我的配置1是否合理呢，同样，如果选择配置2，价钱和配置是否合理，感谢各位老师帮我解答疑问和把关。

falldwon · 发表于 Post on 2025-11-23 11:42:19

刚好我也是参考Sobereva老师给出的配置建议买的机器，也用MS，跟你有点像，不过买的早，所以还是32G*16的内存，现在内存价格上天，所以比你还便宜

我的CPU就是7R32两颗，装的centos系统，自己电脑建模，通过网关连接服务器，用的DMol3和Forcite，用了一个多月算过吸附能和分子动力学，没发现什么兼容性问题。配置一可能内存有点问题，考虑到价格，也考虑到固定资产以后没法变化，可以考虑买32G*8的内存，以后内存价格降下来了，如果内存还不够用，就再买8根，不然以后内存不够现在的都是16G，只能换成32G，换下来的16G没法处理。或者就不纠结内存品牌，直接买32G*8的内存，价格会便宜一些

QieMinmin · 发表于 Post on 2025-11-23 15:21:22

falldwon 发表于 2025-11-23 11:42
刚好我也是参考Sobereva老师给出的配置建议买的机器，也用MS，跟你有点像，不过买的早，所以还是32G*16的内 ...

谢谢老哥，还有一个问题，我用32GB*8,内存槽没有插满的话，对CPU多线程运行会不会有性能上的损失呢，电脑小白不太懂这些，店家给的解释是内存条没有插满后，会减少内存带宽，增加数据交换排队时间，降低并行计算速度。我的体系基本都是100个原子左右。这样的话16*16和32*8性能上有差别吗。

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-11-23 18:16:51

MS的话intel支持确实好一点。这个配置cpu大概16000，主板8000，内存20000，硬件合计40000拿得下来。就看服务值不值溢价了。32G*8的内存带宽肯定是不如16*16的，会对性能有影响，不过根据程序不同有不同差异。建议你可以找台机子用MS跑个已知体系评估一下。

QieMinmin · 发表于 Post on 2025-11-24 10:40:06

tonganlhy 发表于 2025-11-23 18:16
MS的话intel支持确实好一点。这个配置cpu大概16000，主板8000，内存20000，硬件合计40000拿得下来。就看服 ...

谢谢您，还有一个问题就是，我们老师说跑Materials studio不需要两个这么大的固态，固态容量可以小一点，系统盘用128Gb的就行，数据读取盘用512Gb-1Tb的就行，然后内存先上8*32Gb，等后面内存降价了再补齐，我想问问两个固态用小容量的够了吗。

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-11-24 11:06:14

QieMinmin 发表于 2025-11-24 10:40
谢谢您，还有一个问题就是，我们老师说跑Materials studio不需要两个这么大的固态，固态容量可以小一点， ...

固态省不了几个钱，没必要。现在1T也才六七百。整两个1T花不了多少钱。内存是大头。

QieMinmin · 发表于 Post on 2025-11-24 11:17:54

tonganlhy 发表于 2025-11-24 11:06
固态省不了几个钱，没必要。现在1T也才六七百。整两个1T花不了多少钱。内存是大头。

行，那我改成两个1T的吧，内存的话目前价格太高了，我老板建议还是8*32Gb的吧，后面等内存降价了再补齐

QieMinmin · 发表于 Post on 2025-12-8 21:38:06

falldwon 发表于 2025-11-23 11:42
刚好我也是参考Sobereva老师给出的配置建议买的机器，也用MS，跟你有点像，不过买的早，所以还是32G*16的内 ...

老哥有遇到卡住不运行的情况吗，我用dmol3跑吸附能，总是卡在某个电子步，或者在开头就卡住不算了，cpu还在满载运行，但是outmol文件和status文件就不更新了，下载下来结果看，也是实际上没有运行的。

hjlyyc0999 · 发表于 Post on 2025-12-18 16:31:09

不知楼主有没有配好电脑啊？用的是什么CPU？
我也计划配置一台用于castep，就是不知道AMD的cpu兼容性如何？

QieMinmin · 发表于 Post on 2025-12-18 21:59:04

本帖最后由 QieMinmin 于 2025-12-18 22:00 编辑

hjlyyc0999 发表于 2025-12-18 16:31
不知楼主有没有配好电脑啊？用的是什么CPU？
我也计划配置一台用于castep，就是不知道AMD的cpu兼容性如何 ...

我选择了AMD那个的配置，由于内存最近一直在高价，所以256GB共花了两万八，AMD对MS的兼容性确实要差一些，虽然96核有196线程，但真要能跑MS任务还是得在bios里关闭超线程，相当于只有96核可以计算，这样的话就和我老服务器intel cpu计算速度差不多了，相当于AMD的两个线程和intel的一个线程速度相近。除此之外，别的暂时没什么问题了，目前计算是正常的。还有一点，AMD的cpu对MA版本好像也有兼容性。2023版的不太能跑成功任务，我又重装了2019版，才能正常计算了。

hjlyyc0999 · 发表于 Post on 2025-12-28 19:55:48

QieMinmin 发表于 2025-12-18 21:59
我选择了AMD那个的配置，由于内存最近一直在高价，所以256GB共花了两万八，AMD对MS的兼容性确实要差一些 ...

看来linux版还是有问题，windows版23版是可以跑的

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[配置讨论] Linux系统下用于Materials Studio计算催化反应过渡态的计算机配置...

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