求助蛋白质和聚合物链的真空模拟，跑了80ns聚合物大部分仍然是直链

YuniJ

如题所示，因为聚合物链太长，如果直接做溶剂模拟的话体系过于大，因此想要先做真空模拟，让聚合物“蜷缩”起来，跑了80ns左右后只有小部分折回去，大部分仍然是直链，我要怎么修改模拟参数文件？以下是我能量最小化后直接模拟的模拟参数文件

integrator = md
dt         = 0.001  ; ps
nsteps     = 80000000 ;
comm-grps  = system
refcoord-scaling = com
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
cutoff-scheme = Verlet
pbc           = xyz
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.4
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.4
rvdw-switch   = 1.2      
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 2.0
tc-grps = system
ref_t   = 310.15
;
Pcoupl      = C-rescale   
pcoupltype  = isotropic
tau_p       = 5.0
ref_p       = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
annealing       = single        
annealing-npoints = 3
annealing-time  = 0  20000  30000      
annealing-temp  = 310  350  310      
constraints = hbonds

sobereva

给聚合物中的一些原子之间加上弱谐振势，或者加外力，驱使聚合物收缩。并且温度越高原子动能越大越容易克服分子内弱相互作用而处于延展的构象，可以尝试用明显更低温度模拟

YuniJ

sobereva 发表于 2025-11-24 03:04
给聚合物中的一些原子之间加上弱谐振势，或者加外力，驱使聚合物收缩。并且温度越高原子动能越大越容易克服 ...

谢谢老师，我试一下