Gaussian报错l202两原子距离过近但找不到原子

zhaiyu

由于之前都是算的小分子，对分子晶体这方面不是很了解，希望能解惑，感谢！
目前从分子晶体里解出来一个cif文件，利用MOMAP去计算转移积分，MOMAP也是调用的Gaussian，报错如下：


报错的log文件用Gaussian打开根本看不清原子编号，com和log都看不清


我用mercury打开cif文件转成mol2，再用Gaussian打开后找到7号原子，但并没有在附近找到261号原子，Gaussian打开的时候就是packing过的结构。

wal

你应该上传的是log文件 转换的时候标号可能会变的

zhaiyu

wal 发表于 2025-11-27 19:14
你应该上传的是log文件 转换的时候标号可能会变的

好的，已修改，但发现log打开连原子编号都看不清

wal

zhaiyu 发表于 2025-11-27 19:28
好的，已修改，但发现log打开连原子编号都看不清

我打开看了一眼，你原子叠一起了，一个位置显示两三个标号，那肯定看不清啊。是gjf设置的有问题。

zhaiyu

wal 发表于 2025-11-27 19:46
我打开看了一眼，你原子叠一起了，一个位置显示两三个标号，那肯定看不清啊。是gjf设置的有问题。

好的谢谢。请问您是怎么发现原子叠一起了的，如果不从图片从log哪一部分可以看出来呢，直接从坐标看吗？我也是第一次碰到，想学习记录一下

wal

zhaiyu 发表于 2025-11-27 20:39
好的谢谢。请问您是怎么发现原子叠一起了的，如果不从图片从log哪一部分可以看出来呢，直接从坐标看吗？ ...

把log的坐标复制出来，或者直接把gjf头暂时删掉只留坐标，报错的是7,262你就看第7行和第262行的坐标是不是一样。