求助伞形采样中拉伸动力学中固定的设置

wyw1

title                   = Pulling MD
integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 2500000    ; 5000 ps = 5 ns (根据需要调整)
nstxout                 = 1000
nstvout                 = 1000
nstenergy               = 1000
nstlog                  = 1000
constraint_algorithm    = lincs
constraints             = all-bonds
lincs_iter              = 1
lincs_order             = 4
cutoff-scheme           = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
rvdw                    = 1.2
tcoupl                  = V-rescale
tc-grps                 = System
tau_t                   = 0.1
ref_t                   = 300
pcoupl                  = Parrinello-Rahman
pcoupltype              = isotropic
tau_p                   = 2.0
ref_p                   = 1.0
compressibility         = 4.5e-5
pbc                     = xyz

; Pull code

pull                    = yes
pull_ngroups            = 2
pull_ncoords            = 1

; optionally give the group names
pull_group1_name        = Chain_B
pull_group2_name        = Chain_A

; coordinate 1
pull_coord1_type        = umbrella
pull_coord1_geometry    = direction
pull_coord1_groups      = 1 2         
pull_coord1_dim         = N Y N
pull_coord1_vec         = 0 1 0      
pull_coord1_start       = yes
pull_coord1_rate        = 0.01        
pull_coord1_k           = 1000        

freezegrps              = freeze_atoms
freezedim               = Y Y Y

; ===================================================

nstlist         = 10我现在想要固定chainA，拉动chainB，我这个mdp对吗？

FrancisCho

freeze_atoms在index.ndx中指代的是Chain_A吗？一般group1是拉动的，group2当做参照组

wyw1

FrancisCho 发表于 2025-12-3 14:47
freeze_atoms在index.ndx中指代的是Chain_A吗？一般group1是拉动的，group2当做参照组

freeze_atoms是我设置冻结的另一个组，属于chainA的部分原子，
我是想把chainA的底部分子冻结住，然后拉chainB

sobereva

冻结不要和控压一起用，属于基本常识。要固定用位置限制势
并且拉伸这种非平衡过程不要用PR压浴，也是基本常识。用Berendsen或C-rescale

不要用constraints             = all-bonds这样糟糕的设置