公社群聊Q&A整理：2016.12.03 00 ~ 2016.12.08 06 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-4-29 03:20:10

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2016.12.02 23:10:49
Q:
多谢!我想用加色散的接着扫描一下. 用B3LYP/6-311G(2d,p)扫描出来的二面角比用b3lyp/6-31g(d)扫描出来的二面角偏离文献更多. 差点用了b3lyp-d3gb/aug-cc-pvtz了. 是不是用6-311+G(d,p)好些
A:
文献又不代表准确
6-311G(2d,p)结果一定比6-31G*好，除非极个别情况误差抵消没后者好
不牵扯到弱相互作用时加了弥散或色散校正对这问题不会有什么改进
Q:
有烷基长链应该需要加弱相互作用吧.可能因为刚性扫描的原因,结果反而不好了
A:
柔性扫描才有明确化学意义
Q:
好的,多谢! 请问弱相互作用能通过单点能估算占总能量的比例吗?或者同一结构, 做两次单点能计算, 比较加了D3后能量变化,来衡量是不是要加色散
A:
要衡量加色散校正的必要性，不是比较单点能，而是比较加了D3前后相互作用能的变化
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2016.12.02 23:11:57
Q:
请教sob，用Gaussian能不能玩一下金属氢？
金属氢
A:
如果是要做周期性计算还是能算的
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2016.12.03 00:12:11
Q:
[图片]
想请问用multiwfn3.9.9计算ADCH是，文件无法打开通常要如何调试？windows10_64bit, 非管理员权限可以将文件拖进cmd窗口去，运行出错；管理员权限下不能拖进去，但是通过‘O’可以成功打开最近的文件，然后出现截图的错误
A:
增大settings.ini里的ompstacksize再试
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2016.12.03 06:07:39
Q:
[图片] 老师，multiwfn可不可以单独显示团簇和碳笼之间的相互作用？可视化出来
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.12.04 08:55:23
Q:
Multiwfn为何不能用dmol3的输出文件去做？
A:
@ 铁线莲、 multiwfn根本不支持dmol3
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2016.12.04 18:01:20
Q:
各位老师，EPR-III基组在哪儿有介绍？ EPR-III is a triple-zeta basis set including diffuse functions, double d-polarizations and a single set of f-polarization functions. 这是高斯网站上的介绍。EPR-III基组的在输入文件中的关键词是什么？
剑老师，请including double d-polarizations的基组有哪些？
6-311g(2d,p)是不是including double d-polarizations的基组？
有没有6-31g(2d,p) 这种基组 ?
A:
算
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2016.12.04 20:07:16
Q:
请问有谁使用过ma-TZVP吗？
另外，jun-cc-pVTZ也是需要自己定义么？还是自己粘贴啊？
[图片]这个库吗？
A:
月份基组直接在高斯里写就完了，看最新版手册基组部分
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2016.12.05 02:45:24
Q:
豆豆知道怎么手动freeze core吗...
A:
默认冻核，可以用window具体指定怎么冻
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2016.12.05 04:05:55
Q:
AIM分析时，只要分析BCP就可以吗？谢谢老师
A:
一般是，但AIM分析不仅限于BCP的讨论
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2016.12.05 07:46:40
Q:
谢谢社长，
IOP(8/11=1) 这个IOP是指什么意思呢，只知道和FC有关，我没有iop手册.. 查不到呢..
A:
高斯官网就有IOp列表
Q:
[图片]17号一下轨道我都给它冻结了.。这个没问题吧..
以下..
A:
冻太多了
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2016.12.05 23:56:06
Q:
0.0这样的我也遇到过盯着输入文件改了一下午，结果重启了一下就好了
请问各位[图片]这里的不同transition mode指的是什么啊？
A:
1号群里某人写的
就是基态到第一激发态跃迁
----------------------------------------------------
2016.12.06 06:32:52
Q:
大家好我是计算小菜鸟一枚
有个问题想问大家一下
我用HF/6-31++G（d,p）找到了过渡态换成了B3LYP/6-31++G（d,p）却找不到了
为什么啊
A:
用HF的过渡态当初猜结构再用B3LYP找过渡态，步长上限设小点
氢的弥散纯属多余
若就是找不到，改用M062X再找
Q:
我加了maxstep=5和calcall
这样可以吗
A:
just try
Q:
嗯呢正在计算中
M062X和B3LYP找到的过渡态能量相差大吗
因为我其他的计算全部都是B3LYP方法
如果换的话之前的工作大部分都要重来了
A:
绝对能量没有可比性
只有相同计算级别能量才能相互比较
Q:
那怎么办
如果找不出来要全部重新换吗
A:
B3LYP try完再说
Q:
好的
谢谢；啦
自由基耦合反应没有过渡态的吧
为什么看文献的时候有一些文献仍然计算了自由基耦合反应的过渡态呢
A:
既然算出来了就说明有
Q:
意思就是像这种自由基耦合反应可以先尝试着找找不到的话就认为没有过渡态？
A:
看具体情况。简单的诸如2*CH3 -> CH3CH3这种情况必然没过渡态
Q:
比如酚氧自由基和氢反应生成苯酚的反应有过渡态吗 C6H5O·+H·—C6H5OH
A:
你对O和H进行柔性扫描一看就知道了
Q:
扫描的结果是怎样的才算有过渡态呢
A:
[图片]
Q:
还有柔性扫描的话键长键角都扫描是吧
A:
就扫描键长
Q:
但是老师苯酚O-H单键可以旋转
A:
柔性扫描自发就调整键角了
Q:
恩恩忘记了[表情]
那扫描结果是有能量极值点就说明有过渡态是吗
极大值点
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:15:23
Q:
老师，AIM分析中|Vb|/Gb大小表征了什么？
A:
[图片]
Q:
谢谢老师
老师，两个分子间的弱作用是不是可以看成不同BCP键径上两原子的作用的矢量和？ @Sobereva
谢谢老师
A:
意义不明，什么矢量和
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:16:13
Q:
老师，您们好。electron density difference (EDD)可以使用Multiwfn画出来吗？可否用来描述氢键强弱？
E. Steiner Theor. Chim., 60 (1982), p. 561.
[图片]
A:
看
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
靠密度差讨论氢键强度没那么直接，结合其它方式讨论
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:29:18
Q:
社长大人，请教个问题， EOM-CCSD 只计算不计算跃迁密度不影响激发能吧..
只计算能量，不计算跃迁密度
A:
不影响
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:32:46
Q:
sobereva老师，我用优化激发态的结构算第一激发态紫外光谱，TD是写成TD(nstates=20,root=1)吗？
A:
nstates 没必要那么大
直接写TD就够了
Q:
老师是不是连root=1都应该不要写呢
A:
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
Solved reduced A of dimension 62 with 3 vectors.
Max Tx.T = 0.253274364238 for Degree = 2
Tx not orthogonal to T.
Error termination via Lnk1e in /home[表情]ax/soft/g09/l1014.exe at Thu Dec 1 16:44:23 2016.
Job cpu time: 0 days 5 hours 57 minutes 21.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 833 Int= 0 D2E= 0 Chk= 36 Scr= 1
老师，我想问这个问题这么解决？
%nprocshared=8
%chk=tdddb2.chk
%mem=10GB
#p td=(singlets,nstates=6,root=1) b3lyp/6-311g(d) geom=connectivity polar这是输入文件
谢谢
激发态和超极化率一起算，够狠
A:
polar别和TD一起用
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:39:17
Q:
请问CHON共50几个，还有六个过渡金属原子，这种体系用什么级别的算法/基组最合适
A:
前提不够充分
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
[图片]
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:41:30
Q:
老末已加入该群 ##**##1,5,0,2,0,1072596468,icon,0,0,color,0
A:
新人看群共享里群规
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:44:28
Q:
sob老师，我一个金属离子，我想计算研究它做多络合几个水，该如何处理
A:
尝试包不同数目的水算算试试
Q:
逐个加水，发现自由能变一直降低，似乎没有尽头
A:
能够与金属配位的空间终究有限，不会没有尽头
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:48:29
Q:
社长..在def2svp级别下保存SaveAmplitudes，然后到def2tzvpp级别下读取计算，比单独计算def2tzvp级别下CCSD(t）大致能有多少速度提升呢..
粗略一下..
会不会快一点.。
A:
未必会提升
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:54:15
Q:
不好意思问题没讲清楚，一个过渡金属配合物分子CHON共50个左右，过渡金属元素有五个Fe一个W，想用高斯计算整个分子在不同自旋多重度下的单点能，得到能量主要是为了辅助佐证实验数据，这样的情况用什么级别的算法/基组比较合适？
A:
B3LYP或M06或BP86。基组底限是6-31G*结合lanl2TZ，要求更好结果用6-311G*结合lanl2TZ(f)或SDD
----------------------------------------------------
2016.12.06 07:56:18
Q:
[图片]
老师，这是NBO分析，上面提到通入高斯，是和正常通入文件一样吗？
电荷分布
A:
直接用pop=NPA就完了，NBO plot文件在绘制NBO有关的轨道才用得到
----------------------------------------------------
2016.12.06 08:24:57
Q:
什么是溶解自由能?怎么算出来的？
可是加溶剂模型的时候一般是算E啊
Gsol = Ggas + Esol-Egas
A:
仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
Sob老师，我不是很理解为什么单点能减单点能得到自由能。
不过这样的话这个没问题啊： Gsol = Ggas + Esol-Egas
A:
是溶解自由能而不是自由能
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.06 08:49:39
Q:
老师，我想问您一个问题，当我想用cam-b3lyp计算电荷转移激发时可以用它给出的吸收能吗？
在激发态上我计算发射能用的b3lyp。
吸收发射能计算不统一方法合理吗？
A:
吸收和发射都是电子激发计算，泛函应统一
----------------------------------------------------
2016.12.06 08:54:27
Q:
老师，CH3Br+CI（离子）——CH3Cl+Br（离子）这个反应显然是有过渡态的对吧但是我在做C-Cl键柔性扫描的时候结果却没有能量极大值点
A:
先自行尝试按一般方法找过渡态
找不到的话，考虑溶剂模型，看是否能找到
----------------------------------------------------
2016.12.06 19:53:23
Q:
sob 老师，我想问下用Multiwfn做RDG图，能不能只做分子间的，而不做分子内的
A:
通过两个原子定义盒子中心在分子间区域，并恰当设定盒子尺寸
----------------------------------------------------
2016.12.06 22:30:09
Q:
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=1.com
Output=1.log
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
这个错误是啥意思？
权限？
6-Dec-2016
******************************************
%mem=2000MB
%nprocshared=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
-----------------
#p b3lyp/6-31g(d)
-----------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
Leave Link 1 at Tue Dec 6 14:41:55 2016, MaxMem= 262144000 cpu: 0.1
(Enter /root/g09/l101.exe)
---
CH4
---
Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 1
C 0.17473 1.1442 0.02185
H 0.53138 0.13539 0.02185
H 0.5314 1.6486 0.89551
H 0.5314 1.6486 -0.8518
H -0.89527 1.14421 0.02185
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in /root/g09/l101.exe at Tue Dec 6 14:41:55 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
log文件提示这个
输入文件的错误？还是？
我是大白计算的，。。。。那刚才的那个输入文件有误？
我的是E版本。难道E版本有问题？
A:
输入文件末尾多空几行就完了
----------------------------------------------------
2016.12.06 22:42:37
Q:
请问大家遇到过计算含频第一超极化率计算不出来这样的情况吗这是什么原因呢？谢谢
A:
看报错提示
----------------------------------------------------
2016.12.06 23:33:04
Q:
请问fragment molecular orbital（FMO）这个方法大家了解么，高斯里面有没有计算的关键词什么的啊，还是这只是个组合方法，使用高斯单独算一些小片段的能量，按照公式什么的外部计算一下得到大分子的能量？
非常感谢，我学习一下
A:
高斯不支持，GAMESS-US支持
----------------------------------------------------
2016.12.06 23:35:46
Q:
sob老师，我用multiwfn做配合物能量分解分析，分成配体和金属，配体闭壳，金属开壳。软件提示
flip electron spin of this fragment
应该是y还是n呢？
multiwfn是不是不可以做含镧系元素的能量分解分析呢？@Sobereva
A:
任何元素都能做能量分解。翻转的含义看群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》相关说明
具体看你载入顺序，以及对哪个片段设定是否翻转
----------------------------------------------------
2016.12.07 00:03:49
Q:
请问引用multiwfn的文章有pdf版压缩包下载吗？
请问是最新的吗？
我以前下载的是2014的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2850 里面的链接已经失效了，请问哪位已经下载过？
A:
使用了Multiwfn发表的1010篇文章打包下载
http://sobereva.com/322
链接并未失效，是你的操作或者网有问题
----------------------------------------------------
2016.12.07 00:55:32
Q:
[图片]
我用fchk文件生成cube文件出现这种情况是怎么回事
[图片]
A:
用multiwfn计算格点数据，还不行就是fch文件有毛病
----------------------------------------------------
2016.12.07 01:39:45
Q:
请教各位老师：在Multiwfn软件中作拓扑分析时，怎么在原有的拓扑图上再加临界点。因为现在作出的拓扑图中没有我需要的那个临界点。非常感谢。
A:
-4 Modify or export CPs，然后3 Add a CP artificially
----------------------------------------------------
2016.12.07 01:45:37
Q:
老师，我用Multiwfn算sos算完忘了是哪个文件了[表情]，怎么帮文件里读取是哪个？[表情]@Sobereva
好的谢谢提醒@LiYuanhe
A:
重算一遍，或者看博文里的例子
----------------------------------------------------
2016.12.07 02:16:05
Q:
我的VMD打开后只有这两个框[图片]，主窗口[图片]没显示出来，怎么办呢
A:
尝试输入menu main on
----------------------------------------------------
2016.12.07 03:46:43
Q:
Rotational constants (GHZ): 0.1935421 0.1932906 0.1198111
Standard basis: STO-3G (5D, 7F)
IA out of range in STO.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g09/l301.exe at Tue Dec 6 19:43:03 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 4.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
请问这个报错是因为？
A:
元素超过了STO-nG定义的范围
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:17:22
Q:
老师，有什么方式可以比较基团的共轭性吗
一般共轭体系会表现出芳香性，娃娃和大博士理解没有大问题
A:
算环电流或者ICSS
使用AICD 2.0绘制磁感应电流图
http://sobereva.com/294
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216
或者算ELF-pi
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:22:24
Q:
sob，fortran 77还有什么编译器能编译吗
A:
目前各种编译器都能编译fortran77代码
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:29:56
Q:
老师您好，我想问下含过渡金属的体系可以用amber么？原子类型不能完全指定是什么原因呀？
A:
可以用，有力场参数就行，通常得额外想办法搞，程序自己没那么智能能直接处理
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:51:08
Q:
3.4版本这个graph页面怎么关呢？右键好像没反应呢[图片]
A:
右上角return
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:51:08
Q:
能量分解和电荷分解好像有点不同
A:
完全不同
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:58:48
Q:
[图片]
这种no要紧么…
取结束后的结构继续freq?
A:
不要紧
----------------------------------------------------
2016.12.07 04:59:49
Q:
各位前辈，请问一下，journal of physical chemistry letters这个期刊上的计算化学类文章水平如何
A:
不错
----------------------------------------------------
2016.12.07 05:03:58
Q:
您好，问下，我用高斯计算荧光，然后发现基于线性响应溶剂模型的计算结果和基于特定态溶剂模型的计算结果差别在 100nm 附近，这是正常的吗？
谢谢。
我用的TDDFT计算的
按照高斯手册关于乙醛那个例子
我原本以为两种模型的结果应该是微小的差别，都想直接用线性响应溶剂模型来计算更省时间，可是对比一下发现结果差距不小，不是特别理解
好的，谢谢老师，我去核对下特定态的计算。
另外，老师，是不是大多数情况下线性响应与特定态的结果是微小的差别？我看论坛里头有人提到其实用线性响应的，多考虑几组泛函去看下其实就可以？因为特定态模型比较繁琐
A:
泛函和溶剂模型的选择没有对应关系。泛函选择合理，又用特定态模型结果才精准。但有时由于误差抵消，也可能反倒线性响应溶剂结果更好
Q:
您好，问下，我用高斯计算荧光，然后发现基于线性响应溶剂模型的计算结果和基于特定态溶剂模型的计算结果差别在 100nm 附近，这是正常的吗？比如有一个测试是，用b3lyp,基组是6-311+g(d,p)的时候，线性响应的结果是600nm,特定态溶剂的结果是490nm. 之前看了Sobereva老师关于TDDFT计算荧光的帖子，我原本以为两种模型的结果应该是微小的差别，都想直接用线性响应溶剂模型来计算更省时间，可是对比一下发现结果差距不小，不是特别理解
A:
先得确认特定态用的方式正确
另外用nm不好衡量，毕竟不是个线性的能量单位，用eV衡量差异才合适
Q:
恩好的谢谢老师。另外，我去确认了我特定态计算的方式，应该是没有问题，是按照您之前写的那个帖子上面计算设置，然后我用eV来衡量差异的结果是。用b3lyp基组6-311+g(d,p)做测试，其中线性响应模型跟特定态溶剂模型的结果差别子啊0.46eV. 其中特定态的结果是2.53eV,线性响应的结果是2.07eV. 想请教下说，这两者的差距是不是略大？谢谢
A:
略大，一般差异不大于0.3eV
----------------------------------------------------
2016.12.07 05:03:58
Q:
是multiwfn手册中激发态分子，电子空穴那里要选一个transition mode.我不太清楚这个代表啥就问了一下
激发态分析
A:
你想研究哪个激发态就选哪个
Q:
明白了社长
对了社长，我在做td的时候设置nstates=5. 但是在做分析的时候好像不止5个mode啊，这是怎么回事呢
A:
肯定是5
----------------------------------------------------
2016.12.07 05:03:58
Q:
用高斯能算荧光吗？咋算啊？@闹钟
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
甭看手册里坑爹的例子
----------------------------------------------------
2016.12.07 05:09:21
Q:
请问 self-consistent iterative procedure 自相一致迭代过程这个是什么算法？
A:
这必须有语境，只是个思想，不是具体什么方法
----------------------------------------------------
2016.12.07 05:48:02
Q:
老师，定下gromacs的培训时间了吗[表情]
A:
预计1月18日±2day
----------------------------------------------------
2016.12.07 05:51:11
Q:
请问，在gaussian对结构优化完后从哪儿能得到volume的数值啊？
上面那个图好像MS可以做出类似的
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
----------------------------------------------------
2016.12.07 06:58:26
Q:
两位老师，使用B2PLYP/Def2TZVP/LANL2TZ(f)做单点，算了一天还是报错了：
DoSCS=T DFT=T ScalE2(SS,OS)= 0.270000 0.270000
Internal consistency failure #1 in GetIJB.
A:
用E.01版
----------------------------------------------------
2016.12.07 07:54:58
Q:
老师，请问我现在使用gaussian软件，使用B3LYP-D3BJ/6-311+G**得到了体系的单点能，想通过其波函数文件绘制电子密度差图。在博文中，sob老师说有一些DFT泛函在引入经验校正项时还重新拟合了原有泛函参数，这类泛函在原理上不建议使用（绘制电子密度差图），不知道DFT-D3是否属于这一类泛函。
A:
DFT-D3是校正方法，不是泛函
Q:
抱歉，老师。那BELYP在引入校正项时，是否拟合了原有泛函的参数？
B3LYP
A:
拟合什么，原有泛函参数又不动
----------------------------------------------------
2016.12.07 07:59:06
Q:
老师，量化基础班什么时候有培训？
A:
明年上半年
----------------------------------------------------
2016.12.07 08:05:37
Q:
社长，请问一下这个[图片]这两个参数看不懂什么意思呢.。 1.d-5
没见过1.d的,糊涂了.
A:
1E-5
Q:
Ok了.谢谢啦.. 现在用高斯做CASSCF和EOM-CC CCSD(t), 手册都翻烂了.. 有些细节不好理解.
社长再麻烦你一个问题，还是高斯的CC，[图片]这A-vector好难收敛.. 有什么办法能改进一下呢，或者调低精度（查手册没有），能量收敛倒是挺容易的..
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.07 16:26:28
Q:
老师我的问题是这样的计算结果并没有报错正常输出但是没有给出含频的信息我给的关键词如下[图片] 谢谢老师@Sobereva
A:
字号勿超过12。
大抵你末尾没写外场频率，如果写了，上传输入输出文件
----------------------------------------------------
2016.12.07 18:00:07
Q:
请问大家，有哪个程序能算氢键的能量分解。
A:
看此文第10节的说明
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.12.07 18:01:19
Q:
请问一下各位前辈们，理论ECD计算出来的是椭圆度mdeg，还是摩尔吸收系数差[图片]？
为什么文献中不统一呢？
[图片]
[图片]
[图片]
A:
摩尔吸收系数差
----------------------------------------------------
2016.12.07 18:17:20
Q:
Multiwfn这个软件你们有吗？求分享
我昨天在官网上下载的，不能安装
不用安装？
也打不开啊
[图片]
A:
仔细看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
Q:
打开程序就是这样子
各位大神好，有人用软件计算过分子尺寸吗？求指导
[表情]
A:
该干什么屏幕上都提示得很清楚，用一个新程序起码也得看手册啊！先google啊！
Q:
谢谢指导，不胜感激主要手册是英文，我实在是[表情]
A:
那就看博文啊
tips博文里列出好几十万字的中文博文
而且手册里那点英语，四级能过的根本无压力，只是肯不肯看的问题
Q:
不知道Multiwfn能分析的wfn等文件是怎么生成的呢？我需要分析其他的有机化合物，该如何生成这样子的文件呢
谢谢哦
A:
直接用.fch也行
.wfn怎么生成手册第四章开头就说了
Q:
好的，谢谢哦
A:
手册第2页
[图片]
手册第四章开头
[图片]
手册何等贴心
Q:
看完手册我还是不知道怎么制作.wfn文件
[表情]
A:
直接用.fch就完了
Q:
[表情]
.fch的文件我也没有啊
我需要建立一些这样的文件，才能进行分析的吧[表情]，可是文件是怎么建立的呢？
A:
[图片]
formchk把chk转成fch啊
Q:
chk文件在哪儿呢
关键在于我用什么软件去建立这样的文件啊
A:
[图片]
Gaussian啊
Q:
这酱紫啊，我下载了软件，手册虽然是中文的，还是没找到在哪儿画图[表情]
OA：
找你师兄问去，这一步一步的问、一点都不愿自己学、自己试的，远程说说到天荒地老也讲不会
好像不是你在回答问题，那你哪来的火气呢？我要是有师兄会，我何必在网上问呢
Q:
[图片]
OA:
敢问你看手册了吗？
手册但凡看到第八页，清清楚楚的写着到哪儿看如何生成所需的波函数文件
Q:
你要是会，并愿意指导，我感激不尽
OA:
分明就是根本没看
但是请不要这样把你的垃圾乱丢，谢谢
哪儿来的火气？火气就是又懒、又不承认、还为此撒谎。
A:
+1
Q:
[图片]
[表情]
A:
liyuanhe是很公正的
Q:
看了就一定会看懂？
哪里不懂肯定会问具体的问题
A:
都跟你明说了，手册第四章开头说了怎么生成wfn文件
Q:
我的问题不够具体吗？文件如何建立的？
A:
手册第四章开头还明说了怎么产生fch文件
Q:
[图片]
你看了手册根本就不会再截图截取的是第二章目录！
A:
如果高斯一丁点都不会用，起码自己多试试、网上google学习学习
本群不可能手把手教你高斯最基础操作！
Q:
原本我是有机会知道怎么进行操作的，然后你再这儿一通批评，毫不指导
真不知道这样能为你带来什么
你所发给我的链接，我昨天都看到过，我并没有因此看懂，才来问
A:
问问题前好好看看此文
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
端正态度再来问
Q:
带来的是一个良好的讨论环境，一个互相分享、学习相关经验、看法的平台，带来的是避免使其成为一个充斥着网上、手册上写的清清楚楚东西的水群。
A:
没错
Q:
[图片]
我不说话了
那我能说什么呢
把手册通读一遍
A:
自己想办法先把高斯基础使用学会再说
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
我真心不相信有这么简单而想不明白的问题
你们在入门的时候就什么都会吗
A:
手册第四章开头就连产生.wfn文件的高斯输入文件都给了，还怎么更清楚？
谁也不是天生就会的，都是靠努力学来的
Q:
[表情]头一次见到如此理直气壮的小白……
老师能不能给我讲解一下我刚刚问的那个问题呢？
A:
也不想想几十年前，做个量化还得自己编程，鼓捣计算机硬件
如今做量化何等便利，资料一搜一大把
世风日下
这本书真应该是如今搞量化的新人必读的
推荐本书《高山仰止-唐敖庆和他的弟子们》
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4026
此文也是必读的
有感于如今许多超懒的科研工作者
http://sobereva.com/342
PS：我想说，我从0开始学量化，从来没让老师教过半点儿
100%自学
几乎也没在网上问过其他人问题
Q:
[表情]大博士是我等的榜样
A:
最基本的都得让人教的话，能搞科研，做出复杂、创新性的东西那根本就是天方夜谭
Q:
其实大部分的人都是混文凭，有谁愿意死磕？
A:
我要是校长，让那些不知道努力的人连文凭也混不到
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2016.12.07 18:28:45
Q:
[图片]老师这其中的[图片]值用什么软件可以得到，谢谢
不是基组？
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2016.12.07 18:36:11
Q:
李老师，这个句子里的s66*8 是个什么意思The four necessary parameters have been determined by a fit to standard Boys and Bernadi counterpoise corrections for Hobza’s S66×8 set of non-covalently bound complexes
(528 data points)
各位老师我用orca中COSMO模型算溶剂效应对沥青质二聚体自聚稳定性的影响，但是审稿人说Simulation in two implicit solvent environments with very close (and low!) polarities such as toluene and hexane cannot reproduce the experimental solubility. Explicit all atom MD (perhaps, even with a polarizable force-field) could be of use here. One would naively expect that toluene should compete for the stacking interactions in contrast to hexane. 这个问题怎么回答，我全文都用的量化，只不过用MD做了构型搜索。
A:
不要在论坛里和群里同时问同一问题
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2016.12.07 19:06:38
Q:
请教各位老师，为什么我在multiwfn里面点11 红外光谱，总是强制退出啊？
[图片]
A:
输入文件不对，要么关键词没用对，要么用了诸如fch当成输入文件
仔细看
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.12.07 19:09:03
Q:
我记得本科的时候用matlab做过，有个取点函数ginput，数据简单处理就ok了
不好意思，没注意[表情]
A:
ˆ牵引公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
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2016.12.07 19:15:52
Q:
[图片]
计算一个稀土Er的配合物，SCF所需的循环数如此多是因为使用了level shift吗？或是因为稀土元素本身？
超过200圈没收敛就杀掉吧
收敛趋势没有问题，只是缓慢，我觉得没理由杀掉
A:
稀土本身就不好搞
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2016.12.07 19:55:16
Q:
老师苯甲醛被羟基自由基夺走醛基上的那个氢您觉得这个反应有过渡态吗有的话能垒高吗
可是我算出来能垒是负的
没有吧
用昨天您给我说的B3LYP/6-311G（d，p）得到的能垒就是负的但是之前HF方法能垒是正的@米豆豆
而且HF方法算得的能垒也不大就20多KJ/mol
所以我觉得会不会这个反应可以默认没有过渡态啊
A:
HF本来就会高估能垒
电子能垒为负要么过渡态根本没找对，要么忽略了中间体，跑IRC立马知道
Q:
irc跑的是正常的
A:
IRC正常则显然势垒不为负！
Q:
正在尝试
但是有一个很简单的现象：irc上TS的能量比反应物和产物都高
但如果单独取TS的能量减去苯甲醛的能量再减去羟基自由基的能量那么就是负的
所以我该怎么办
我也是这么想的就是不大敢确定
那就是说肯定是有中间体对吧
还有计算能垒的话分别优化反应物1和反应物2再分别得出能量还是放一起优化得出能量啊
网上两者都有说的
A:
如果以反应复合物为参考点就一起优化
Q:
我跑的这个irc过渡态只比反应物高了3kJ/mol 这个正常吗
A:
要对IRC始端优化得到反应物，然后用较好级别算TS和反应物单点，再算势垒，否则这么小势垒算不准
----------------------------------------------------
2016.12.07 20:10:03
Q:
大宝博士，动力学班的通知呢？
A:
估计过一个礼拜左右再发
这阵子还得考察场地
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2016.12.07 20:11:02
Q:
但是我选中了之后，Visualize 选项还是虚的update 选项在Visualize 选项目录下呢没有办法选！@卖萌君
A:
不会用gview看轨道就用multiwfn
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.12.07 20:20:53
Q:
get
对了老师你们高斯基础班啥时候开课啊
自学太费劲了
A:
明年上半年
建议还是先参加初级班
基础班其实相当于中级班，没参加过初级班的且基础薄弱的到最后就听天书了
Q:
那初级班啥时候开课呢
A:
所以别小看“基础”二字，这是在我眼里的“基础”
也是估计明年上半年
Q:
老师您是大神
到时候有通知吗
A:
也考虑过是否把“基础班”改名为“标准班”为宜
Q:
社长的基础班足够用到博士毕业了
A:
不管什么培训，培训前一个月都会发正式通知，有的培训会更早在www.keinsci.com上贴出预告
----------------------------------------------------
2016.12.07 20:34:04
Q:
老师，您好！有没有关于弱相互作用的计算方面的文献，书籍推荐啊？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.07 20:36:52
Q:
A:
看到图中grimme，刚想起来Grimme新有篇文章引了Multiwfn[表情]
[图片]
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2016.12.07 20:37:56
Q:
我想请教一个问题是关于电荷多重度的是这样的因为整个反应是自由基进攻一个分子找过渡态的时候电荷多重度是-1 2 我用那个过渡态的chk去跑irc 结果跑出来的电荷多重度是 0 1 然后我改了一下输入文件也是读chk 在下一行写了-1 2 但跑出来的结果还是0 1 不知道怎么回事
A:
一个自由基进攻分子，如果那个分子就是闭壳层的，显然整体也得是0 2。就算整个体系再带一个负电荷，那也是-1 1。不知道你什么情况
你输入文件里设多少，找过渡态、跑IRC就是多少。
甭管gview显示的
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2016.12.07 20:44:44
Q:
带电分子中有偶极矩概念么？@Sobereva
A:
有。但是取决于原点的选取，所以此时偶极矩没什么意义
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2016.12.07 20:51:14
Q:
老师，请教下，使用m062x/6311G**生成wfn文件加了density关键词，有影响不？
A:
加density多余，对于SCF类型计算（HF、DFT、半经验），加不加都一样
Q:
对于mp2类型加了才好对吧？
A:
后HF、TDDFT之类才有必要加
----------------------------------------------------
2016.12.07 20:57:09
Q:
老师，我优化好叔丁基苯后，结构显示叔丁基中的甲基H与苯环上的H之间的距离小于范德华半径，所以我想在拓扑分析中看下这两个氢之间的临界点，但是并没有显示出来。按照您的方法操作后，好像是需要加这个点的坐标
[图片]
我该怎么查这个点的坐标呢谢谢老师
A:
不能手动加啊，要让程序搜索出来BCP
按此文方式搜索
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
你也可以绘制RDG图先看看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.12.07 21:14:56
Q:
按照你上次的建议，我用Sadlej POL基组计算一些列有机物分子的超极化率，但是结果都是
[图片]
以下是我的输入：
[图片]
是否可以考虑加上以下关键字
scf=(novaracc,noincfock) int=(ultrafine,acc2e=12)
int=ultrafine足矣
A:
其它三个关键词也是有必要的，光靠ultrafine悬
前一阵子用各种弥散函数很多的基组（比POL更多）算了一批分子超极化率深有感受
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2016.12.07 22:06:15
Q:
大环境如此连导师都功利的话我们如何能独善其身
我小导师让我二周就搞定高斯死活出个结果我心想二周能搞懂个啥出的结果可信吗？
所以自然就寻捷径了
A:
参加科音的初级班的话，两周出可靠的结果（对于不复杂的问题）没问题
Q:
可是问题是计算只是我论文一小部分包括科研也只是一部分更多事干活
老师那个唐敖庆那本书还有的买吗
是我们的老校长
A:
应该网上还有卖
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:07:06
Q:
我是用RRKM计算的反应的速率常数，这是审稿人给的意见，
“The first and most important point is the fact that the authors apply the steady state approximation to the intermediates of their reactions. In my opinion, this is highly questionable. The authors have to demonstrate that this approximation is valid. One way to do that would be to solve the Master equation, for which they can use open-source codes like Mesmer (from Dr David Glowacki).”.
审稿人建议的使用主方程的方法我现在还不会，我应该怎样（从那个方面）证明稳态近似是有效的呢？
A:
你就学学MESMER呗，自带一大堆例子
主方程的知识可以看看综述J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10528-10544。觉得太复杂可以看更浅一些的Chem. Soc. Rev., 2008, 37, 676–685
Q:
顺便问一下，科音班有专门讲速率这一部分的吗？大体主要讲那些内容
A:
基础班会专门讲反应速率计算，是TST和RRKM。等估计后年开的高级班才会涉及主方程计算
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:14:59
Q:
基础班什么时候开课呢
A:
预计明年上半年，大概3~5月
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:15:33
Q:
老师我想问下溶剂化校正是最后做么？
A:
看你具体算什么。比如计算溶液下自由能，先计算气相自由能，最后算溶解自由能，然后加和
Q:
好的
谢谢～
溶剂化校正的基组是选用优化的还是单点能的？
A:
用M05X/6-31G*结合SMD算溶解自由能，这里提了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.12.07 22:19:11
Q:
结构优化和计算吸收光谱用了#p TD=(Nstates=50) m062x/6-311g(d) scrf=(smd,solvent=chloroform)这样的水平
那么我打算计算发射光谱，需要优化S1态结构，还用同样的水平吗？
A:
是
Q:
用M06-2x计算有机分子的吸收光谱，结果计算值比实验室蓝动大概70~80nm，我是不是应该学着HF成份更高的泛函？
A:
高估了激发能，显然要用HF成分更低的泛函
诸如PBE38、BMK
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:20:35
Q:
老师初级班这期没赶上，17年几月份还能开课
A:
还没定
估计也是3~5月吧
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:27:15
Q:
不用和前面的基组一致？
A:
不用
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:34:58
Q:
老师，做MFDD操作中，用1.set lower/upper limit of color scale有什么限度吗，应该怎么调节呢？
[图片]
[图片]这个数值怎么设置合适呢？[表情]
A:
色彩刻度调成能让颜色最充分反应不同区域的特征，同时兼顾美观
只要当前原子标签都显示在图中了，就用默认的就完了。如果有的原子离作图平面比较远而没显示标签，才需要把这个值设大
Q:
但是有的区域颜色过甚是因为电子密度过大或者过小，可以调节成均衡一些的吗
[图片]
比如说这种类型的图，上图颜色过甚是复合物本身原因还是调节的不合适呢
A:
什么叫过甚？
当前的图并无问题
建议同时把等值线也显示出来，看着更清楚
Q:
就是一大片深的颜色
[图片]
A:
当前色彩刻度上下限明显太小，导致超过上下限的区域过大，看着难受
Q:
但是调节大了话上部分密度变化就不太明显了
这个图上面变化很明显，下面环的部分变化不明显，要是上下限设置大了话，上面的颜色就会便签，变化就看不出来了
OA:
应以选定原子平面
Q:
还有一个问题，做出图，我想看环与NCH连接部分密度差积分值
[图片]
但是为什么中间就是找不到吸引子呢
A:
你这是ELF盆分析？本来这里就不应该有ELF吸引子，因为电子在这里没有高定域
Q:
不是就是做的MFDD的分子生成密度差积分值
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
做出图我想看这个区域电子密度差积分值，可以找不到吸引子
A:
这种体系直接做个电荷位移曲线多好，多直观
看手册4.13.6节的例子
顺着Z轴绘制
Q:
老师，我用ＮＢＯ做了电荷转移了[表情]
现在老师想让我做ＭＦＤＤ的二维图以及积分值
A:
NBO怎么考察？也就考察NPA电荷差值，哪有电荷位移曲线直观？差远了！
从电荷位移曲线立马就看出中间区域积分值是多少
Q:
就是看上面接的ＨＣＮ中的Ｎ原子往环上的键转移的电荷数
我用高斯计算的ＮＢＯ
A:
算个破NBO能展现得这么清楚？
[图片]
[图片]
Q:
图好炫[表情]
A:
Multiwfn比起NBO强大到不知哪里去了
Q:
是的，那老师我能弱弱的问一下，找不到吸引子可以通过调节什么找出来吗
A:
如果你是对密度差做的盆分析，你先看看密度差的等值面图，确信那里理应有吸引子
Q:
[图片]
A:
没这个必要，本身NBO里面就有很多糟粕，那些一般常用的功能免费的NBO3.1里也已经有了，直接用着也很方便
Q:
一个类型的的复合物，该体系就有
可是上一个就是找不到
没有吸引子的是Ｂ３Ｏ３Ｆ３．．．ＮＣＨ这个有吸引子的是Ｂ３Ｏ３ＣＮ３．．．ＮＣＨ
A:
前面说了，先看等值面图从原理上确定有没有
Q:
恩恩，知道了
谢谢Ｓｏｂ老师
[图片]
ＳＯｂ老师，这说明是有吸引子的吧[表情]
A:
看等值面图多好，这样太抽象
Q:
恩，我再算算
[图片]
ＳＯｂ老师这个我不太会看[表情]
A:
你这密度差图明显是错的，两个状态原子核位置不对应
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:48:49
Q:
老师
我想做一个碱性溶液条件下的计算
如何实现呢用G09
为啥要用碱性溶液条件？
A:
如果OH-影响反应机理，计算时候画上OH-在合适位置
如果碱性条件影响质子化态，从质子化态上体现
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:52:46
Q:
请问老师，我用Gaussian使用优化、频率计算团簇后打开out文件保存成gjf算性质，老报错502，是什么原因
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
老师我的意思是我已算出最低能量低的坐标，使用这个坐标算HOMO差值等的性质，还是报错
优化后的坐标算性质不是不会报错吗还是我的操作失误
请问老师，文献有这样的叙述All of the geometric optimizations were performed without symmetry restriction.是不是Gaussian关键词中加nosymm
A:
否。而是你一开始撘的结构就不应该有对称性。
字号不要超过12
Q:
那再问老师一个问题，开始结构没有对称性，优化后不也是没有对称性吗
A:
如果极小点本身有对称性，优化完了自然而然就跑到有对称性的结构了，而且到最后一步高斯有可能已经能直接判断出对称性了
Q:
我用C1的结构优化文献具有高对称性的结构，但是结构还是C1对称性呀
和老师说的让我迷糊中
A:
如果实际结构有高对称性，而一开始初猜结构是没有对称性的（不是高斯判断不判断，而是肉眼上就能看出偏离对称性），优化完了必然是高对称性结构，即便高斯最后没判断出高对称性，你到gview里用默认标准一对称化也成了高对称结构并判断出来点群
----------------------------------------------------
2016.12.07 22:58:39
Q:
还有自旋污染[表情]
[图片][图片]老师们，请问一下这个自旋污染的问题怎么改？
A:
跟自旋污染毛关系也没有
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
高自旋体系用guess=mix毫无意义
Q:
这样啊[表情] 我去看看，我们老师让我加的[表情]
A:
开壳层单重态才需要加来获得对称破缺单重态
----------------------------------------------------
2016.12.07 23:12:40
Q:
老师，高斯09最新的E版本运行稳定吗？目前用的是a版本，值得更新吗？
A:
稳定，要更新。
----------------------------------------------------
2016.12.07 23:22:01
Q:
老师就是之前那个问题：找到的过渡态能量比反应物要低但是我跑完IRC 拿始态优化的到确实是反应物
A:
优化时候能量升高还是降低？降低的话，所得结构能量显然比TS要低
Q:
是指找过渡态的那个优化还是始态优化？
A:
始态
Q:
是降低的
A:
IRC始端能量比TS能量低，从始端优化能量又降低，最终结构能量怎么可能比TS高
Q:
具体问题是这样的
我先用TS方法找到苯甲醛和羟基自由基反应的过渡态后求得过渡态能量接着用过渡态能量减去苯甲醛的能量再减去羟基自由基的能量得到的是负值
然后就去跑IRC IRC正常结束但是IRC上显示的始态与反应物有微小差别于是怀疑是复合物但是拿去优化得到的确实是反应物
老师还有我的问题[表情]
A:
没时间回复了，一琢磨自然就明白了
----------------------------------------------------
2016.12.07 23:29:41
Q:
大家可以帮我看下这个分子的输入文件有什么问题吗？怎么运行了好久都没结果，是分子画的不对还是？
[图片] 【话唠】早起的虫子有鸟吃分享文件 15:29:42
"c15h10o6.gjf" 下载
[图片] 【话唠】早起的虫子有鸟吃发表动态 15:29:45
"分享图片"
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A:
基组用6-31g是搞笑
Q:
我们导师说让用的，嫌算的太费事可能@Sobereva
A:
6-31G即便算出来也毫无意义，白算
Q:
怎么不出来结果呢
A:
自己看报错，别老问怎么不出来结果，以为高斯是神呢
Q:
基组改为6-31g+可以吧
A:
更开玩笑
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
没有错误，难道没算完
A:
自己gview看收敛趋势
----------------------------------------------------
2016.12.07 23:37:22
Q:
请问各位牛人，molpro里面能不能用密度泛函的方法计算避免交叉一类的问题？
A:
不能，只支持MCSCF或多参考级别的
Q:
避免交叉一类的问题能不能用密度泛函的方法来研究呢？
A:
交叉处如果能量分裂大的话还是可以用的
Q:
哦，那一般molpro里面怎么选择活性空间，有没有类似GAMESS里面的VVOS一样的方法？
A:
活性空间选择方式在这里的资料中有讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=126
----------------------------------------------------
2016.12.07 23:40:38
Q:
[图片]
ＳＯｂ老师，这样是有没有吸引子呢[表情]
A:
看等值面等值面等值面
而且核坐标还是不对应，对应的话不可能出现
[图片]
这种在原子核处两半现象
必定你自己又优化了HCN，而不是直接用的复合物的坐标，要么就是没加nosymm关键词
----------------------------------------------------
2016.12.08 00:05:00
Q:
Sob老师：
您好！
请问高斯计算NTO读取chk文件错误怎么办？
我是按照高斯主页的NTO方法先做TDDFT计算，然后使用以下关键词计算NTO：#p cam-B3LYP/6-31G(d) Geom=AllCheck Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=2) Pop=(Minimal,NTO,SaveNTO)
却出现这个错误？求问如何解决？之前说可以不使用chk文件，不用chk文件的话，如何操作？
[图片]
A:
看这个
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
Q:
无需先做TDDFT再做NTO，直接做NTO吗？
A:
y
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2016.12.08 00:17:41
Q:
想请教个问题常说的亲水性和疏水性其实实质是什么
A:
疏水的本质是熵效应
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2016.12.08 00:32:15
Q:
请问有没有比较好用的win10系统下的gaussian程序包？我的学生需要装下，谢谢
A:
高斯不分windows版本，所有版本都能用
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2016.12.08 00:33:18
Q:
有人遇到过用TDDFT算出的Excited State 1能量为负值这样的情况吗？是什么原因呢？
A:
[图片]
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2016.12.08 00:35:58
Q:
请问论坛里面Multiwfn最新版的网盘下载地址链接是不是失效了？
A:
没失效
Q:
[图片]为什么我点这个链接一直是链接不存在[表情]
A:
用这个
http://pan.baidu.com/s/1dFgeghF
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2016.12.08 00:46:48
Q:
请问老师：用freq计算Sum of electronic and thermal Enthalpies进而求键能BDE问题，对于两个分子（A+B）的体系，想要计算A分子中某个硝基的BDE，有个疑问，还请老师指导：
用freq之前是需要做opt的，那如果把A分子中的硝基去掉，使原体系（A+B）变成两部分，对于分开之后的部分，再做freq前还需要再优化吗？
如果优化了，那是不是结构就又变了，这样计算出来的能量值对吗？
A:
freq前当然要优化
对
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2016.12.08 00:56:40
Q:
请问老师，某种团簇的结构有多种对称性，要比较不同种对称性的能量差，用GV初始构建结构时要限制对称性，那输入Gaussian的关键词要加nosymm吗
A:
在gview里对称化好，计算时候不写nosymm，否则白浪费巨额时间
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2016.12.08 00:59:14
Q:
[图片]高斯里面为何visualize选项不可使用，该怎么解决，谢谢
A:
装gview前机子没装高斯，或者gview没装到高斯路径下找不到高斯
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2016.12.08 01:00:03
Q:
请问老师，结构优化输出文件是有红外性质吗？在哪里看呢？
A:
无
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2016.12.08 01:02:02
Q:
请问老师，我在用TST理论算反应速率常数，有没有情况是活化能很小，反应速率也很小的情况
A:
活化能小，算出来的k一定大
Q:
我算的反应是IM4-IM5+N2，使用公式[图片]时产物的配分函数是否包括N2
A:
你这是单分子反应，而你公式是双分子反应的
Q:
请教老师，单分子反应的公式是怎样的
A，B不是代表反应物和生成物吗
A:
当然不是，A、B是双分子反应的两个反应物
[图片]
用这个算最方便
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
Q:
哦，也就是说这个公式不需要产物的配分函数是吧
A:
和产物完全无关
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2016.12.08 01:02:11
Q:
sob，元旦培训的时间确定了么？学校要封账了
A:
过几天才能确定
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2016.12.08 01:06:06
Q:
请问老师，单个C原子的自旋多重度是5吗？
A:
3
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2016.12.08 01:12:09
Q:
老师用m052x-6-31g*算溶剂化对过渡金属怎么办
A:
一样用
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2016.12.08 01:15:39
Q:
[图片]
老师要继续加*么～
A:
和*无关，是元素有太重的，超过第四周期
当然你用6-31G的时候总得加*
Q:
这个是碘，那就是6-31g**
A:
pople基组至多用到Br
Q:
那用赝势？
A:
y
Q:
您看lanl2dz+6-31g*怎样？
A:
穷就用这个级别
6-311G*结合lanl08(d)较为理想
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2016.12.08 01:21:36
Q:
sob老师，我将优化好的结果算气相TD，还应该按照优化的方法和基组吗(b3lyp/混合基组)？或者我应该换方法不换基组？
A:
可以都换
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2016.12.08 01:27:44
Q:
请问sob老师，大约几天呐？一个星期之内？等这个课等了快一年啦。
A:
一周内
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2016.12.08 01:34:36
Q:
用6-31g(d)，给其中某一个原子加上弥散（混合基组），和用6-31g(d)，给其中另外一个原子加上弥散（混合基组），这两个混合基组，算同一个基组，算出来能量，能进行比较吗？
弥散加在不同的原子上就算不同的基组？
[表情]
A:
无影响
y
Q:
嗯，我用 Sum of electronic and thermal Free Energies 算算看。
反应物－过渡态－产物
[图片]这是校正之前的
[图片]这是校正之后的
单位是a.u.
校正之前很合理，校正之后就变得不合理了。
A:
显然后者
may-本身就是带s,p弥散
Q:
# freq=modelmodes oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity
这是频率计算的关键字，方法与基组与优化时一致。
是不是modelmodes 这个不能加？
A:
没特殊必要就不加
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2016.12.08 05:15:22
Q:
sob老师，我想做下轨道重叠，但是没有高斯和NBO版权，想参考老师的这篇博文来做http://sobereva.com/163，我想问下这个方法又没参考文献或者我怎么应用
A:
无参考文献。这跟高斯版权毫无关系
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.12.03 00 ~ 2016.12.08 06 Concate

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