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[GROMACS] 计算锂离子msd时msd出现了降低的现象

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老师们,我模拟的是锂离子在固态聚合物电解质中的迁移机制,但我在计算锂离子的msd时(如图所示),发现msd在升高之后突然下降,想问老师这是什么原因啊?下面是我用的一些文件,感谢老师指导!

1.zip

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发表于 Post on 2025-12-8 02:04:50 | 只看该作者 Only view this author
如果你要算扩散系数,MSD根本没必要统计到200 ns那么长。而且MSD曲线越往后统计误差越大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-8 10:47:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-8 02:04
如果你要算扩散系数,MSD根本没必要统计到200 ns那么长。而且MSD曲线越往后统计误差越大

老师的意思是这可能误差导致的吗?我能接着算别的吗?

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发表于 Post on 2025-12-8 13:06:14 | 只看该作者 Only view this author
huangzi 发表于 2025-12-8 10:47
老师的意思是这可能误差导致的吗?我能接着算别的吗?

MSD统计较短时间范围就完了
模拟没必然问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-8 16:51:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-8 13:06
MSD统计较短时间范围就完了
模拟没必然问题

十分感谢老师指导,sob老师,我接着又统计了较短时间段的,发现原本在上图0-200ns中算的上升的那一步部分也会在较短时间段模拟中出现峰值然后下降,想问问老师这是什么原因啊?

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发表于 Post on 2025-12-8 17:45:05 | 只看该作者 Only view this author
huangzi 发表于 2025-12-8 16:51
十分感谢老师指导,sob老师,我接着又统计了较短时间段的,发现原本在上图0-200ns中算的上升的那一步部分 ...

前面说了
MSD曲线越往后统计误差越大
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这页幻灯片的讲解:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-12-19 09:41:01 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva 老师您好,我在算锆基电解质的MSD时,算出来的结果要比文献中高出几个量级 这是什么原因呢?
下面是我的INCAR设置:
###inital ###
SYSTEM = interface-MD
ISTART = 0
ICHARG = 2
NWRITE = 1
#IVDW = 12
IWAVPR =11
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LVTOT = .FALSE.
LVHAR = .FALSE.
LELF = .FALSE.
###Electronic Relaxatio###
ISMEAR =  0            (Fermi(-Dirac) distribution,)
SIGMA  =  0.2        (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM   =  100           (Max electronic SCF steps)
NELMIN =  5           (Min electronic SCF steps)
EDIFF  =  1E-5       (SCF energy convergence; in eV)
GGA = PE
LREAL = Auto
ENCUT = 400
#PREC = Normal
ALGO = Fast
###Ionic Relaxation###
IBRION =  0           (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi)
ISIF = 2
EDIFFG = -0.03
###MD###
NSW    =  5000       (steps)
POTIM = 2             (time step)
IALGO = 48 (the number of atoms > 50, use it)
NBLOCK = 1
KBLOCK =50
SMASS = 0
MDALGO= 2
TEBEG = 1000
TEEND = 1000
###Magnetic paraments###

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发表于 Post on 2025-12-24 05:12:52 | 只看该作者 Only view this author
Hyi 发表于 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好,我在算锆基电解质的MSD时,算出来的结果要比文献中高出几个量级 这是什么原因呢?
下 ...

我拒绝使用VA$P,不做评论
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发表于 Post on 2025-12-24 10:48:39 | 只看该作者 Only view this author
Hyi 发表于 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好,我在算锆基电解质的MSD时,算出来的结果要比文献中高出几个量级 这是什么原因呢?
下 ...

你单位搞错了吧。

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