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[CP2K] CP2K计算得到的ESP1.cub和density1.cub文件可以结合VESTA绘制静电势图吗

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我在绘制一款材料的表面静电势图,已经参考sob老师的做法在VMD中成功绘制 ,但VMD对于周期性大体系绘制的效果看上去比较杂乱,看很多文章VESTA绘制的效果比较好,我想使用VESTA来绘制,google了一圈VESTA做静电势的教程全是VASP的,没找到有CP2K的,但找到一个老帖子提及了一下VESTA绘制CP2K静电势, http://bbs.keinsci.com/thread-5476-1-1.html。请问各位老师,VESTA能绘制出CP2K计算的静电势图吗?如果有我未能找到的教程也劳请老师指路。

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发表于 Post on 2025-12-8 23:24:13 | 只看该作者 Only view this author
当然可以,简单讲下思路:
1. File - Open打开电子密度的格点文件;
2. 确认Edit - Edit Data - Volumetric Data的上半部分Isosurfaces里面有电子密度的格点文件,然后在下半部分Surface coloring点右边Import加载静电势或者Hartree势的格点文件,加载完点Apply;
3. Objects - Volumetric Data勾选Show Isosurfaces和Surfaces Coloring;
4. Objects - Properties - Isosurfaces选中唯一的1号,在中间Isosurfaces栏设置显示Positive、Isosurface level为0.001,在下面Surface coloring栏设Saturation level的上下限为-0.01到0.01、视情况点Inverse color反转颜色刻度。Objects - Properties - Sections的左上角可以修改渐变色风格。(至于颜色标尺啥的应该得自己另外画。)

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发表于 Post on 2025-12-8 23:47:02 | 只看该作者 Only view this author
VMD并不会杂乱,杂乱几乎一定是设置不当
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-10 16:07:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-8 23:47
VMD并不会杂乱,杂乱几乎一定是设置不当

确实老师,调整之后得到了相对看着比较舒服的结构,但是有一个问题,我这是二维slab,slab底部(z方向)的静电势超出盒子底部于是跑到盒子的头顶了,所以导致必须拉近视角才能不让头顶的静电势妨碍观看。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-10 16:13:39 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-8 23:24
当然可以,简单讲下思路:
1. File - Open打开电子密度的格点文件;
2. 确认Edit - Edit Data - Volumetr ...

十分感谢老师的解答,我尝试了您给出的步骤,使用VESTA-win64进行,进行到Import静电势文件时发生闪退,搜了一圈也排查不出原因,电子密度和静电势格点文件已上传至百度网盘,如能获得解答不甚感激。通过网盘分享的文件:Question.zip
链接: https://pan.baidu.com/s/1nPBvHbTcWWd1mxs8w-MuQQ?pwd=JPCL 提取码: JPCL

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发表于 Post on 2025-12-10 17:38:36 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2025-12-10 16:13
十分感谢老师的解答,我尝试了您给出的步骤,使用VESTA-win64进行,进行到Import静电势文件时发生闪退, ...

我这的VESTA能正常显示这个单原子Cd在大盒子里的结构及静电势着色的电子密度等值面,无法复现你说的问题。倒是32位的VMD 1.9.3没法同时加载两个庞大的格点数据文件。



顺便说一句,VESTA要求电子密度和静电势的格点数量一致,所以CP2K直接输出格点数据文件(最多再加上multiwfn的格点数据操作)可以载入并显示,但是像http://sobereva.com/443说的“ESPiso.txt里面的命令对应于计算电子密度和静电势格点数据时分别用high quality grid和low quality grid(后者低于前者是为了节约静电势计算时间)”所得文件就会在载入时报错Number of data grids in the 3D data sets do not match each other而无法载入。
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发表于 Post on 2025-12-10 21:55:13 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2025-12-10 16:07
确实老师,调整之后得到了相对看着比较舒服的结构,但是有一个问题,我这是二维slab,slab底部(z方向) ...

平移就能解决
Multiwfn的格点数据平移功能介绍
http://sobereva.com/754http://bbs.keinsci.com/thread-56990-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-10 22:56:46 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-10 17:38
我这的VESTA能正常显示这个单原子Cd在大盒子里的结构及静电势着色的电子密度等值面,无法复现你说的问题 ...

感谢两位老师的不吝赐教 @sobereva

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