vina报错size_z = 110') for option 'center_x' is invalid20.991，y'g'z'm'...

哈哈哈哈12138 · 发表于 Post on 2025-12-13 11:49:32

应该怎么解决这个问题呢，大佬们

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-14 09:11:01

vina 和autodock 的size 单位不同

vina 的size 是 autodock 的 npts x spacing

哈哈哈哈12138 · 发表于 Post on 2025-12-14 23:06:26

student0618 发表于 2025-12-14 09:11
vina 和autodock 的size 单位不同

vina 的size 是 autodock 的 npts x spacing

感谢大佬，那要怎么解决呢，给xyz坐标换算吗

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-15 00:23:31

其实AutoDockTools有个 outpit vina config 帮忙算的
自己做就是Autodock那文件(图一)的npts x y z 分别乘以grid spacing对应vina的size_x size_y size_z。

哈哈哈哈12138 · 发表于 Post on 2025-12-15 13:42:22

student0618 发表于 2025-12-15 00:23
其实AutoDockTools有个 outpit vina config 帮忙算的
自己做就是Autodock那文件(图一)的npts x y z 分别乘 ...

好的好的，感谢我回头试试，就是算出来之后给npts的三个值换成算完的那三个就可以吗

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[分子对接] vina报错size_z = 110') for option 'center_x' is invalid20.991，y'g'z'm'...