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[GROMACS] 求助:gmx rdf计算出来曲线随着x不断增大

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本帖最后由 1601452201 于 2025-12-16 09:39 编辑

想请问下大家,正常的rdf一般都会收敛到1这个特定值,我在用gmx rdf计算过后,得到的曲线如图所示,所使用的指令为gmx rdf -f NVT.xtc -s NVT.tpr -n N.ndx -o RDF_NVT_N.xvg -cn RDF_NVT_cn_N.xvg -norm rdf  -bin 0.002  -b  0  -e 100000。计算的体系是HOF离子过膜选择性的一个过程,在自由扩散下,HOF种的N原子和溶液中跨膜金属离子之间的RDF,计算时长为100ns,使用的pbc盒子xy周期性,盒子大小15*15*30.

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发表于 Post on 2025-12-16 00:06:20 | 只看该作者 Only view this author
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
详细交代算的体系、组

应根据rdf的物理定义理解、解释曲线特征。要搞清楚很多情况会收敛到1的本质原因是什么,别光看表象、误以为无论什么情况都应该收敛到1

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-16 08:54:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-16 00:06
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620(h ...

感谢社长,计算的体系是HOF离子过膜选择性的一个过程,在自由扩散下,HOF种的N原子和溶液中跨膜金属离子之间的RDF。

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发表于 Post on 2025-12-17 02:23:49 | 只看该作者 Only view this author
1601452201 发表于 2025-12-16 08:54
感谢社长,计算的体系是HOF离子过膜选择性的一个过程,在自由扩散下,HOF种的N原子和溶液中跨膜金属离子 ...

如果金属离子是嵌在固定的膜里面的,算这种rdf并没什么意义,说明不了什么
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