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[GROMACS] 求助:分子动力学模拟添加离子步骤报错

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生成的小分子itp 文件与蛋白构建拓扑后,添加离子出错,怎么解决?

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发表于 Post on 2025-12-17 00:26:06 | 只看该作者 Only view this author
强烈建议零基础的GROMACS用户通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)好好系统学一遍怎么正确使用GROMACS,理解什么才是标准、规范的使用步骤。强烈不建议初学者用一些网上道听途说来的非主流的、诡异、偏门的方式使用GROMACS,否则纯粹是走弯路、自找麻烦。

对于蛋白质+配体的模拟,pdb2gmx产生蛋白质的AMBER力场的拓扑文件,sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生配体小分子的拓扑文件,水和离子分别用AMBER力场目录下自带的水模型的itp文件和ions.itp,是最佳、最推荐的做法。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-17 21:48:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-17 00:26
强烈建议零基础的GROMACS用户通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)好好 ...

好的,已改用AMBER力场。

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