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[GROMACS] 对于外加电场下的非平衡模拟是否需要对离子进行控温

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楼主
各位老师好,我想做一个外加电场的非平衡的动力学模拟,我在论坛闲逛时偶然看到有老师提出控温会干扰受外力分子的运动,可以对受外力的分子不进行控温处理,然后我就想到我的体系下边离子在外加电场下速度会变快,温度耦合时会导致离子速度会被控温器压低,会对离子电流有所影响,所以我就在想是否有必要对离子进行控温处理。非常感谢各位老师的答疑

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2#
发表于 Post on 2025-12-19 04:46:30 | 只看该作者 Only view this author
取决于具体怎么控温,不能一概而论
诸如Berendsen是对控温组的所有速度一起做温度scale,这样的影响就比较小;而如果massive方式控温(每个原子单独控温),或者直接修改原子运动方程且热浴效果依赖于原子各自速度的NH热浴,影响会更大

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-19 10:56:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-19 04:46
取决于具体怎么控温,不能一概而论
诸如Berendsen是对控温组的所有速度一起做温度scale,这样的影响就比较 ...

好的,非常感谢sob老师

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