使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

peter123

sobereva 发表于 2025-12-25 05:43
没大问题
JMM那种档次是很容易中的，别过度担忧。molecules没什么投的价值，又收费学术地位又不高

哦哦好的，谢谢老师指导

JCenter

卢老师，在通过molclus调用gaussian计算任务时，可以在gaussian的输入模板文件内通过%cpu关键词指定cpu。那如果是ORCA呢，ORCA计算任务指定cpu，一般都是通过在命令中外部文件"-rf ***.txt"指定，是不是可以在settings.ini中的ORCA设置部分（mpioption= none  // Special MPI option for running ORCA. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, this option should be set to "none"）这里指定cpu呢

sobereva

JCenter 发表于 2025-12-27 18:00
卢老师，在通过molclus调用gaussian计算任务时，可以在gaussian的输入模板文件内通过%cpu关键词指定cpu。那 ...

可以

JCenter

sobereva 发表于 2025-12-28 14:31
可以

感谢卢老师

peter123

非常感谢老师一直以来给我的耐心指导，我还想请教一下您，我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼（不带电）和阴离子体系的弱相互作用（C-H...X氢键）分析。

我目前文章基本写好了，但是师兄说我的文章逻辑和结构都有问题，并且没有创新点，他说我通过AIM、IGMH、能量分解分析、静电势和范德华势分析，得出的最终结论（C-H...X氢键是一种处在范德华作用和常规氢键过渡区域的作用）是不做计算也可以预测出来的，因此让我自己再去修改。我计算基于的实验原文是JACS的文章，里面也包含了少量的计算，实验原文里面的计算部分就已经说明了主客体化合物中存在的C-H...X氢键是一种弱氢键，因此我的文章最终结论不能再落在“C-H...X氢键是一种弱氢键”这一点上。所以我之前就想着把我的这种C-H...X氢键和常见的范德华作用以及常规氢键做一个对比讨论，但是目前得到的结论却是不做计算也可以预测出来的。

我这个主客体体系目前只找到了一篇从波函数分析角度来进行纯计算研究的文献，别的文献都是实验为主，结合少量计算分析。我之前也用谷歌学术和chatgpt搜索了很多纯计算研究弱相互作用体系的文献，但是这些文献中弱相互作用体系都是未知的，因此他们的最终结论只需要通过波函数分析说明这种未知的体系中存在氢键即可。

我想请教老师如下的问题:

1. 行文逻辑和文章结构这一块，师兄说我方法和原理介绍的部分太多，分析讨论很少。因为我这个体系纯计算波函数分析的文章很少，我就去参考了纯计算研究弱相互作用体系的文献（但是我发现那些文献中分析讨论似乎也不多），然后写了以后再把自己的初稿给chatgpt润色。但是目前还是不太行，请问您有什么建议吗？

2. 创新点这一块，您觉得我的这篇文章还可以提出哪些创新点呢？是否还有必要再去想创新点呢？我目前得出的“C-H...X氢键是一种处在范德华作用和常规氢键过渡区域的作用”是不是太过于浅显了？因为我目前已经研三上学期，时间已经不够了，我只想快点投一篇文章用于毕业（我能力有限，打算毕业就去找工作不继续读博了）。我想请您给我一些建议。感谢您这两年来给我的帮助

sobereva

peter123 发表于 2026-1-9 11:01
非常感谢老师一直以来给我的耐心指导，我还想请教一下您，我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼（ ...

1 看更多的相关文献。纯理论研究氢键的文章多如牛毛，包括我那篇JCC 2019文章里就引用了很多，看多了自然有感觉、知道怎么分析讨论

2 “C-H...X氢键是一种处在范德华作用和常规氢键过渡区域的作用”这早已是众所周知的
创新有大创新和小创新，小创新结合充分、严谨的分析讨论，发个IF=2.x档次的期刊太容易了。最简单的小创新就是研究前人没研究过的体系，比如你算的那些阴离子如果是前人实验做过，甚至理论都算过的，那就再多考虑些其它有意义的阴离子，或者把分子笼自己进行修改实现对阴离子更强或者有专一性的结合能力，从而给笼子捕捉/富集分子、利用含笼子的体系检测分子提供新的参考信息，这都算创新。

此外，如果你觉得文章的完成度已经有发表的可能、能达到其它已经发表的文章的水准，完全可以先投出去试试，说不定编辑决定让你修改而不是拒掉，你修改完了就发表了。如果投几个（别盯着那些门槛高的），编辑都给你直接拒了，或者审稿人的意见都不好，没发表的希望，那说明还需要大改。

peter123

非常感谢老师的耐心指导，很抱歉我这两天有事，一直到现在才回复您，我还想请教您一下，我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼（不带电）和阴离子体系的弱相互作用（C-H...X氢键）分析。

我这个主客体体系目前找到的那一篇从波函数分析角度来进行纯计算研究的文献，就是运用您说的方法，对分子笼进行了修改，增加了不同的基团，实现了对阴离子更强的结合能力。

我目前还想请教您一些问题

1，目前如果要按照您的说法加一些小的创新点进去，您觉得有什么可以做的比较快的创新点吗？因为修改有机笼本身，还有增加一些有意义的离子，都需要重新进行构象搜索，并对多个结构进行几何优化，我目前计算资源有限，如果要这样做时间上可能有些来不及了。您觉得我是否可以从波函数分析的角度来做一些创新点呢？因为波函数分析的方法相比于重新进行构象搜索和几何优化，做起来的速度要快得多，因为我目前已经有波函数的文件了。（高斯单点能输出文件和高斯几何优化输出文件我都有）

2，非常感谢您给我的投稿相关的建议。我也想顺便请教您一个论文写作和投稿的问题，因为我师兄目前没时间帮我翻译文章，我需要自己将文章翻译成英文并进行润色投稿。我听说有些人是用chatgpt翻译的，您觉得chatgpt的翻译准确度高吗？我准备先用chatgpt翻译，翻译完了再去找论文润色机构进行润色（润色机构只修改句子的逻辑，不修改文章内容），请问您觉得找润色机构修改语言逻辑是否靠谱呢？我想请您给我一些建议

我的能力有限科研做的不好，但是我每次遇到问题绝望的时候您都能给我不少有用的建议，非常感激您

sobereva

peter123 发表于 2026-1-12 18:23
非常感谢老师的耐心指导，很抱歉我这两天有事，一直到现在才回复您，我还想请教您一下，我目前在进行氯仿溶 ...

1 我说的那些没什么难实现的。感觉你之前对一些计算过程上的小问题花了太多精力，那些细节也不是审稿人特别关注的。精力没用对地方。

2 用chatGPT就很适合。也可以同时提交给grok、Gemini，自行判断哪个结果好就用哪个，或者适当组合。
在我来看，这年头都有那么好用的AI，还给润色机构弄纯粹就是白花钱。润色机构我估计离普遍倒闭都很近了，说不定有的润色机构就是用AI给你弄。

peter123

sobereva 发表于 2026-1-13 01:34
1 我说的那些没什么难实现的。感觉你之前对一些计算过程上的小问题花了太多精力，那些细节也不是审稿人特 ...

哦哦好的谢谢老师，我明白您的意思了