请问gromacs中的disper.-corr和Coul.-recip.这两部分能量指的是什么呢？

Lisy

请问gromacs中的disper.-corr和Coul.-recip.这两部分能量指的是什么呢？

Myth

供参考。

1. disper.-corr：这是色散校正（Dispersion correction）能量。在分子动力学模拟中，为了处理长程的范德华相互作用（通常使用Lennard-Jones势），通常会设置一个截断距离（cut-off）。但是，超过截断距离的范德华相互作用仍然存在，并且对于均匀体系（如液体），这部分能量可以通过解析方法进行校正，即色散校正。因此，disper.-corr就是为了校正由于截断而忽略的长程范德华相互作用而引入的。它通常是一个常数（或近似常数）的校正项，加到总能量中。

2. Coul.-recip.：这是库仑相互作用的 reciprocal space 部分的能量。在处理长程库仑相互作用时，GROMACS通常使用粒子网格Ewald（PME）方法。PME方法将库仑相互作用分为两部分：实空间部分（short-range）和倒空间部分（long-range）。实空间部分在截断距离内直接计算，而倒空间部分则通过快速傅里叶变换（FFT）在网格上计算。Coul.-recip. 就是指倒空间部分的能量。另外，库仑相互作用还有一个实空间部分，通常称为"Coul.-SR"（或类似名称）。因此，总库仑能量是实空间部分和倒空间部分之和。

sobereva

1 楼上说的“通常是一个常数（或近似常数）的校正项” 容易引起歧义。注意这个项不是与体系无关的常数，而是依赖于体系的，计算原理在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）我专门讲过：