请教机器学习筛选肽段方法

王涛

我目前的工作想法为：建一个能找能与特定小分子结合的八肽的模型
我目前做的是随机生成大量八肽序列（可能有上万条）
我想请教一下老师们：
1.面对这么多初始序列，应该用什么方法对它们进行初筛？
2.我现在只有序列，以后还需要根据序列生成结构、质子化/去质子化、封端等操作，请问哪个软件可以批量进行这些操作呢？

student0618

方案一. 传统Physics based方法，自己写bash脚本连接tleap、conformation sampling及affinity/pose prediction
方案二. 自己认真找相关的Machine learning方法，有很多的，一般这方面会用diffusion model生成结合目标分子的序列及3D模型。看看有没有适合自己目的的方法。

18217265596

student0618 发表于 2026-1-5 13:12
方案一. 传统Physics based方法，自己写bash脚本连接tleap、conformation sampling及affinity/pose predict ...

8肽这种 diffusion 不会特别靠谱