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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gromacs在处理粗粒化的时候链首少bead
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[粗粒化/DPD] gromacs在处理粗粒化的时候链首少bead

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HanLuyao

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楼主
发表于 Post on 2026-1-7 11:14:25 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
由于我的体系太大，所以我在进行AA转换成CG之前先进行了拆链
(1) 拆链 （2）分别求CG结构 (3) 合并CG，完成之后合并topol.top (4) 使用insane构建模拟体系,修正topol
(5)能量最小化 报错，显示我的top文件和gro文件对不上(gro 文件比top文件少16)

经过核对，发现是gro文件中的除了第一条链，其他链的第一个残基的BB这个bead在gro文件中缺失

请问这种情况，怎么办呢
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