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[波函数分析求助] 使用Multiwfn中的amIGM方法分析核酸和配体的平均相互作用中出现的问题

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各位老师好,我参考本论坛中的amIGM使用方法中的配体与蛋白质的相互作用的例子做的核酸和配体的amIGM的分析,做完后得到的图像中在配体附近为什么存在大量的零碎的等值面?需要怎么解决呀
流程是用的是跑完gromacs的md模拟稳定后的构象,将轨迹中配体与相邻的核酸残基截出来构成团簇得到的共331个原子轨迹文件cluster.pbd,用VMD转化为.xyz文件后在Multiwfn中进行的amIGM分析,过程中用的延展距离为3埃,格点间距0.15 Bohr。VMD作图时lsovalue设置为0.25(按例子中的0.006或者0.003一点等值面都没有,所以直接用了自带的source avgRDG.vmd)。

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发表于 Post on 2026-1-8 06:38:40 | 只看该作者 Only view this author
哪能用avgRDG.vmd,帖子里明确说要用aIGM.vmd
先完整把以下文章里的例子重复一遍再弄自己的体系
使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用
http://sobereva.com/759http://bbs.keinsci.com/thread-57317-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-8 11:37:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-8 06:38
哪能用avgRDG.vmd,帖子里明确说要用aIGM.vmd
先完整把以下文章里的例子重复一遍再弄自己的体系
使用amIG ...

问题解决了,没想到是这里错了,多谢老师啦

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