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[波函数分析求助] 请问使用Multiwfn做电子密度的AIM电荷分析时,原子附近盆数目过多怎么办?

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本帖最后由 以玉名诗 于 2026-1-8 13:49 编辑

为了对文献中的AIM电荷进行复现:文章使用Vasp计算出KCl+EuCl3体系下Eu的Bader电荷为-2.97±0.09。参考该文章设定条件,使用cp2k对该凝聚相体系进行了结构优化和AIMD模拟,动力学模拟过程中平均每100步(400 fs)生成电子密度的cube文件。附件中上传了输入文件以及相应的参考文献。
将其载入Multiwfn中进行分析,进行如下操作:
17 Basin analysis
1 Generate basins and locate attractors
3: Same as 2, and perform analysis as three-dimension periodic system
3 Assign corresponding grids to the nearest significant attractors
2 Integrate real space functions in the basins
0 The values of the grid data stored in memory
0 Visualize attractors and basins
结果可以看到每个原子附近对应的盆非常之多。例如Eu原子附近就存在76,82,112三种盆,三种盆对应的积分值分别为
6.963,0.891,7.423,均不相同。而Eu使用的是LnPP1赝势基组,描述的价电子为17,此时我应该如何计算才能得到文献中的-2.97呢?

是否可以参考Sob老师使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析帖子中在对水分子做静电势盆分析时,将多个盆中指定的吸引子合并为一个?然后再进行后续分析?

dislin.png (269.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

盆与原子对应关系

盆与原子对应关系

cdd23e06c0cbd36f20bb06f6096f4964.png (201.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Eu附近的盆

Eu附近的盆

eq.inp

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输入文件

MacInnes et al_2021_Using molten salts to probe outer-coordination sphere effect.pdf

2.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2026-1-8 23:47:17 | 只看该作者 Only view this author
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个,或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-9 12:56:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-8 23:47
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个,或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的

谢谢Sob老师!我尝试一下

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