计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 219|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 锂离子电解液模拟,在NVT系综下分子分布不均匀且无法查看密度选项

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

41

eV
积分
47

Level 2 能力者

我在使用Gromacs进行NVT系综模拟结束后想探究一下是否达到平衡,但通过VMD打开看到结构如下图所示分子和离子并未均匀分散。并且通过gmx energy -f eq.edr命令也并未出现Density选项。请问这是为什么呢?

屏幕截图 2026-01-10 111441.png (619.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2026-01-10 111441.png

屏幕截图 2026-01-10 103424.png (55.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2026-01-10 103424.png

848

帖子

4

威望

1912

eV
积分
2840

Level 5 (御坂)

A Student

2#
发表于 Post on 2026-1-10 16:34:09 | 只看该作者 Only view this author
这应该跑NPT。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124662

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2026-1-10 23:04:09 | 只看该作者 Only view this author
你这相当于在真空盒子里模拟液滴,当然不会在盒子里分散
没有特殊情况一律用NPT而不要用NVT
NVT模拟过程中盒子尺寸始终不变,因而密度不变,自然edr也没有记录density信息的意义。


认真看此文
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

41

eV
积分
47

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 5 min ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-10 23:04
你这相当于在真空盒子里模拟液滴,当然不会在盒子里分散
没有特殊情况一律用NPT而不要用NVT
NVT模拟过程 ...

谢谢老师

6

帖子

0

威望

41

eV
积分
47

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 4 min ago | 只看该作者 Only view this author

好嘞,谢谢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 13:15 , Processed in 0.290885 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list