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[GROMACS] gromacs 计算在nvt后由大面积空腔

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各位老师好。向大家请教一个问题。图片为我进行动力学模拟时,在nvt后,体系出现大面空腔。体系两边为水和二茂铁衍生物,中间为有机物。附件为min.mdp和nvt.mdp文件。请各位老师帮帮忙。

202601101449104279..png (109 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202601101449104279..png

202601101447507636..png (155.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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min.mdp

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nvt.mdp

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发表于 Post on 2026-1-10 15:11:15 | 只看该作者 Only view this author
需要做npt,初始构建的结构比较松散,一般跑nvt就会聚在一起

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发表于 Post on 2026-1-10 23:09:11 | 只看该作者 Only view this author
没特殊情况一律用NPT,让盒子尺寸、体系密度自发调节
packmol建出来的模型普遍密度偏低,相当于盒子偏大,自然NVT动力学跑起来之后会出现真空区
另外,凡是周期性体系,VMD里始终用pbc box命令显示出盒子


认真看此文
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html

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发表于 Post on 2026-1-12 12:51:47 | 只看该作者 Only view this author
这个两相体系是正常的,强行用长时间NPT压回去应该是最简单的办法,不过我选择了粗粒化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 20:09:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-10 23:09
没特殊情况一律用NPT,让盒子尺寸、体系密度自发调节
packmol建出来的模型普遍密度偏低,相当于盒子偏大, ...

好的  老师  谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 20:09:37 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2026-1-10 15:11
需要做npt,初始构建的结构比较松散,一般跑nvt就会聚在一起

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 20:11:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-10 23:09
没特殊情况一律用NPT,让盒子尺寸、体系密度自发调节
packmol建出来的模型普遍密度偏低,相当于盒子偏大, ...

好的呢。谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 20:12:21 | 只看该作者 Only view this author
HNUST 发表于 2026-1-12 12:51
这个两相体系是正常的,强行用长时间NPT压回去应该是最简单的办法,不过我选择了粗粒化

好的  老师  谢谢

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