计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 173|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助关于G16中叔丁氧自由基对利多卡因碳氢键的反应能,先结构优化,但SCF收敛失败

[复制链接 Copy URL]

8

帖子

0

威望

23

eV
积分
31

Level 2 能力者

本帖最后由 kkkkkkkkkk 于 2026-1-14 12:19 编辑

gjf文件代码
%nprocshared=1
%mem=6GB
%chk=ts-6.chk
# stable=opt uwb97xd/6-311++g(d,p)

ts

0 2
C                 -5.78800583    1.65995336    0.54190000
C                 -5.78430583    0.13905336    0.71610000
C                 -4.56960583   -0.67864664    0.26770000
C                 -3.37040583    0.03465336   -0.36260000
C                 -3.29030583    1.56045336   -0.30370000
C                 -4.52120583    2.37985336    0.07830000
C                 -4.49500583    4.02495336   -0.01920000
N                 -1.93890583    2.29125336   -0.62390000
C                 -2.16760583   -0.82364664   -1.09930000
C                 -0.61270583    1.65625336   -0.06890000
C                  0.85229417    1.94905336   -0.77130000
O                 -0.67800583    0.85055336    1.09900000
N                  2.00469417    1.27155336    0.13640000
C                  3.35239417    2.13665336   -0.08490000
C                  2.24659417   -0.19524664   -0.50070000
C                  4.18729417    2.26855336    1.36740000
C                  3.82129417   -0.73094664   -0.26910000
H                 -6.70220583    2.23495336    0.75030000
H                 -6.65330583   -0.36594664    1.16290000
H                 -4.55870583   -1.77094664    0.39750000
H                 -3.49760583    4.35985336   -0.38240000
H                 -4.68730583    4.45885336    0.98760000
H                 -5.28180583    4.36705336   -0.72810000
H                 -1.92190583    3.14325336   -1.16970000
H                 -2.39810583   -1.91094664   -1.04130000
H                 -2.09400583   -0.51694664   -2.16670000
H                 -1.20050583   -0.62164664   -0.58670000
H                  0.87259417    1.50775336   -1.79290000
H                  1.02459417    3.04595336   -0.84790000
H                  3.08299417    3.15305336   -0.44970000
H                  3.99749417    1.62765336   -0.83560000
H                  1.54809417   -0.91534664   -0.01870000
H                  2.06419417   -0.12814664   -1.59660000
H                  3.62969417    1.73075336    2.16670000
H                  4.28489417    3.34255336    1.64240000
H                  5.19959417    1.81975336    1.25530000
H                  4.39859417    0.04145336    0.28660000
H                  3.80829417   -1.67684664    0.31740000
H                  4.30029417   -0.91254664   -1.25710000
C                  0.18449818   -2.77356205   -0.06471106
C                  0.82240349   -3.75111777    0.91360631
C                 -1.15689518   -2.30664890    0.48498921
O                  1.02889109   -1.66769002   -0.23666455
C                 -0.02905826   -3.46404966   -1.40528029
H                  1.80264777   -4.09232212    0.51190457
H                  0.15206492   -4.62911204    1.05006542
H                  0.97850041   -3.24654961    1.89328159
H                 -1.62298374   -1.59232790   -0.22993012
H                 -1.82715818   -3.18470365    0.62147343
H                 -1.00084539   -1.80210435    1.46474946
H                  0.33283413   -4.51474298   -1.34386280
H                 -1.11358573   -3.45984305   -1.65553725
H                  0.53715329   -2.92240128   -2.19578393

--Link1--
%nprocshared=8
%mem=6GB
%chk=ts-6.chk
#p uwb97xd/6-311++g(d,p) opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis,Cartesian) freq=noraman geom=allcheck

232

帖子

0

威望

684

eV
积分
916

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2026-1-14 12:54:25 | 只看该作者 Only view this author
难收敛的话,先减小基组,生成一个过渡态,之后将该过渡态作为初猜用大基组重新找过渡态。

232

帖子

0

威望

684

eV
积分
916

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2026-1-14 13:03:43 | 只看该作者 Only view this author
看了一眼你的结构,初猜太烂,重新构建模型吧

646

帖子

1

威望

5248

eV
积分
5914

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2026-1-14 13:26:45 | 只看该作者 Only view this author
当前结构太烂,容易导致电子结构诡异,难以收敛,再加上你基组还用弥散函数,更是雪上加霜。
好好看:谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336
刚搭出来的结构烂不要紧,用 PM7D3 等方法粗略优化一下即可。关键词:# opt PM7 Em=GD3
我给你这个体系用 PM7D3 粗略优化了一下,能量下降了 415.38 kcal,结构也正常多了,优化好的结构如下,你可以直接拿来用。
  1. C                  3.69016700   -1.01660300    0.55845800
  2. C                  4.03405700   -0.15834300   -0.47966300
  3. C                  3.10688100    0.14721100   -1.47283400
  4. C                  1.82611700   -0.40347300   -1.43769800
  5. C                  1.48913800   -1.28397200   -0.39225000
  6. C                  2.41741800   -1.59168700    0.61531000
  7. C                  2.07763600   -2.49695500    1.74697100
  8. N                  0.19640900   -1.89738500   -0.38555200
  9. C                  0.83118600   -0.02474000   -2.47826000
  10. C                 -0.73217500   -1.59695700    0.59582000
  11. C                 -2.12003600   -2.22503100    0.41919200
  12. O                 -0.44609600   -0.91406400    1.55832000
  13. N                 -3.05320600   -1.34227400   -0.29281400
  14. C                 -3.92153900   -0.51625800    0.56102000
  15. C                 -2.63729100   -0.88160800   -1.51599400
  16. C                 -3.24092300    0.65465700    1.27006400
  17. C                 -3.00665200    0.43440700   -2.07353900
  18. H                  4.41571700   -1.24366500    1.33613200
  19. H                  5.02960500    0.27986600   -0.51483600
  20. H                  3.37960600    0.82793500   -2.27566500
  21. H                  1.58908700   -1.92728400    2.55921300
  22. H                  2.95993500   -2.98714600    2.17550700
  23. H                  1.37370800   -3.28826900    1.45349700
  24. H                 -0.11982300   -2.25363200   -1.28143100
  25. H                  1.23940000    0.67422100   -3.22010000
  26. H                  0.44074200   -0.88781600   -3.02946300
  27. H                 -0.03156500    0.49784300   -2.01368900
  28. H                 -2.05653300   -3.19138000   -0.13118700
  29. H                 -2.52114800   -2.46955000    1.43104300
  30. H                 -4.39458600   -1.19073600    1.31195400
  31. H                 -4.75338400   -0.13949700   -0.08030400
  32. H                 -0.47726200    0.79810200    0.45714000
  33. H                 -2.03372800   -1.54059900   -2.11781000
  34. H                 -2.73936700    1.32433900    0.55756700
  35. H                 -2.47473000    0.32045600    1.98045800
  36. H                 -3.96557300    1.25510300    1.82734500
  37. H                 -4.06864600    0.67847100   -1.93472000
  38. H                 -2.42086400    1.24200900   -1.59243100
  39. H                 -2.80220700    0.48973200   -3.15093800
  40. C                  0.34977600    2.60788700    0.55402100
  41. C                 -0.59337000    3.37944400    1.48729600
  42. C                  1.49191800    1.95377400    1.33414600
  43. O                 -0.42255700    1.60624700   -0.08990900
  44. C                  0.86468700    3.47947800   -0.59585300
  45. H                 -1.47162200    3.73522200    0.93762100
  46. H                 -0.09679100    4.24264900    1.93509000
  47. H                 -0.95544200    2.73579600    2.29602600
  48. H                  2.20895600    1.47512900    0.65481500
  49. H                  2.03511800    2.67642500    1.94540400
  50. H                  1.11937900    1.16011900    1.99693900
  51. H                  1.47231900    4.30778900   -0.22668300
  52. H                  1.47376400    2.88224000   -1.28560200
  53. H                  0.03076900    3.88889800   -1.17684900

复制代码

现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

8

帖子

0

威望

23

eV
积分
31

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 13:57:28 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2026-1-14 13:26
当前结构太烂,容易导致电子结构诡异,难以收敛,再加上你基组还用弥散函数,更是雪上加霜。
好好看:谈谈 ...

谢谢!

8

帖子

0

威望

23

eV
积分
31

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 14:28:24 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2026-1-14 12:54
难收敛的话,先减小基组,生成一个过渡态,之后将该过渡态作为初猜用大基组重新找过渡态。

好的好的!谢谢!

8

帖子

0

威望

23

eV
积分
31

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-14 14:28:48 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2026-1-14 13:03
看了一眼你的结构,初猜太烂,重新构建模型吧

谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124662

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2026-1-15 02:01:31 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2026-1-14 13:26
当前结构太烂,容易导致电子结构诡异,难以收敛,再加上你基组还用弥散函数,更是雪上加霜。
好好看:谈谈 ...

PM7自身已经带了色散校正项,没法再加D3校正(即便程序不报错,也未必结果有意义,自己也不知道实际算的是什么)
可以直接用PM7,或者PM6D3关键词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124662

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2026-1-15 02:03:47 | 只看该作者 Only view this author
gdiis和Cartesian不兼容,下文明确说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

甭写多余的noraman,下文说了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

弥散加的完全多余,尤其是氢的弥散。仔细看下文
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

646

帖子

1

威望

5248

eV
积分
5914

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2026-1-15 10:38:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-15 02:01
PM7自身已经带了色散校正项,没法再加D3校正(即便程序不报错,也未必结果有意义,自己也不知道实际算的 ...

谢谢指正!我平时都只把它当作粗略优化,优化得差不多就行,都没关注过这些
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

8

帖子

0

威望

23

eV
积分
31

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-15 10:45:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-15 02:03
gdiis和Cartesian不兼容,下文明确说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/ ...

好的好的!谢谢!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 13:15 , Processed in 0.549521 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list