小分子与蛋白的分子动力学模拟能量最小化出现问题

syd · 发表于 Post on 2026-1-27 14:47:27

我在用Gromacs进行小分子与蛋白的动力学模拟时，走到能量最小化这一步，有这样的提示，是什么原因？如何解决？感谢

Tanghaoru · 发表于 Post on 2026-1-27 15:58:31

原因是盒子的初始结构不够合理，盒子中有些分子距离太近了。如果做Energy minimization最后能正常收敛结束，就直接继续跑NPT。不能正常收敛结束，就重新建盒子，适当减少点小分子的数量，或者扩大点盒子尺寸。

syd · 发表于 Post on 2026-1-27 18:15:05

Tanghaoru 发表于 2026-1-27 15:58
原因是盒子的初始结构不够合理，盒子中有些分子距离太近了。如果做Energy minimization最后能正常收敛结束 ...

我把盒子从0.8增大到1.2 ，可以进行能量最小化了，但是在限制性动力学阶段，又有以下错误，该怎么解决呢？感谢

Tanghaoru · 发表于 Post on 2026-1-27 20:17:18

syd 发表于 2026-1-27 18:15
我把盒子从0.8增大到1.2 ，可以进行能量最小化了，但是在限制性动力学阶段，又有以下错误，该怎么解决呢 ...

这报错跟之前一样的。你需要不断减少小分子数或者再增加点盒子尺寸，这是一个不断试的过程。另外你这个盒子的长才1.2nm，不清楚你塞了多少小分子和蛋白。你多参考你方向的分子动力学模拟的文献的盒子尺寸来构建盒子和塞入合适的分子数。

Tanghaoru · 发表于 Post on 2026-1-27 20:19:45

本帖最后由 Tanghaoru 于 2026-1-27 20:21 编辑

syd 发表于 2026-1-27 18:15
我把盒子从0.8增大到1.2 ，可以进行能量最小化了，但是在限制性动力学阶段，又有以下错误，该怎么解决呢 ...

最小能量化的最终收敛的the maximum force 数值是多少kJ/mol？是低于100kJ/mol吗？还是多少？

syd · 发表于 Post on 2026-1-27 20:25:16

Tanghaoru 发表于 2026-1-27 20:19
最小能量化的最终收敛的the maximum force 数值是多少kJ/mol？是低于100kJ/mol吗？还是多少？

我塞了一个蛋白和一个小分子，能量最小化的数值我明天看一下吧，谢谢您的回复

syd · 发表于 Post on 2026-1-28 12:55:22

syd 发表于 2026-1-27 20:25
我塞了一个蛋白和一个小分子，能量最小化的数值我明天看一下吧，谢谢您的回复

您好，我把盒子增大到2.5了，能量最小化没有进行下去，是这个系统有什么问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-28 15:56:42

也很有可能拓扑文件有问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

Tanghaoru · 发表于 Post on 2026-1-28 17:20:18

syd 发表于 2026-1-28 12:55
您好，我把盒子增大到2.5了，能量最小化没有进行下去，是这个系统有什么问题吗？

不是系统的问题。还是你的盒子构建不合理。你尝试把分子和蛋白的位置进行调整，别让他们靠得太近。或者你的体系方便展示的话，可以把gro文件上传看看。

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[GROMACS] 小分子与蛋白的分子动力学模拟能量最小化出现问题