水环境中表面吸附模拟：水分子无法填充整个cell

bobchi999 · 发表于 Post on 2026-1-27 17:00:36

各位前辈、朋友，

做一个包合结构铁表面的吸附时遇到一个技术问题，如图所示。
Cell分为三层：Fe+分子+水，未设置真空层。
水分子无法填充整个cell，只会横向扩散开来。
不知道是哪里设置没弄好，希望有经验的前辈朋友分享一下解决方法，万分感谢。

另外还有一个疑问：
这个模拟也委托某服务商用Gromacs做了一下，他们把整个Fe基底冻结，之后跑半各向异性控压NPT。
但是我的经验是冻结原子后，最好不用NPT（MS里fix原子后，根本没法跑NPT）。。。
不知有Gromacs经验的各位怎么看？这样设置跑出来的结果可信吗？

KazusaT · 发表于 Post on 2026-1-27 22:18:48

为什么初始设置要在水和分子之间加真空层而不是直接用水分子填满整个盒子？
冻结铁原子做NPT没有什么问题，如果Fe只是充当一个基底，结构变化不重要的话，冻结+半各向同性控压的话XY方向应该是不动的（其实对于这种周期性基底来说XY方向本来也不会变，冻结只是避免在Z方向上的移动吧）

bobchi999 · 发表于 Post on 2026-1-28 08:52:36

本帖最后由 bobchi999 于 2026-1-28 08:55 编辑

KazusaT 发表于 2026-1-27 22:18
为什么初始设置要在水和分子之间加真空层而不是直接用水分子填满整个盒子？
冻结铁原子做NPT没有什么问题 ...

我并没有主动地在水和分子间加真空层，只是按照通常做法把分子和水分别设成一个layer添加进cell，这应该是MS里很常见的操作吧？
如果真的有真空层存在，那肯定是我设置cell时搞出了问题，现在求各路大神帮忙出出主意。

之前逛论坛，卢老师在回复一个帖子时好像提到过，冻结原子后最好不要用NPT。也可能是我记错了。

KazusaT · 发表于 Post on 2026-1-28 10:39:45

bobchi999 发表于 2026-1-28 08:52
我并没有主动地在水和分子间加真空层，只是按照通常做法把分子和水分别设成一个layer添加进cell，这应该 ...

有时候冻结会使NPT不稳定，因为NPT涉及到坐标的放缩，是否冻结看研究目的吧
我不用MS，对于MS中模型的构建没法帮到你

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-28 15:29:33

谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html）
上文专门说了

非要用冻结就用NVT，要用NPT就把冻结改成位置限制势

reid · 发表于 Post on 2026-1-28 21:42:03

给每个Fe原子一个1500~2000的限制势，3个方向都加上，然后用NPT

bobchi999 · 发表于 Post on 2026-1-29 10:34:11

sobereva 发表于 2026-1-28 15:29
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thre ...

谢谢老师！

那我这个cell里水分子的运动情况是什么原因导致的呢？

bobchi999 · 发表于 Post on 2026-1-29 10:34:39

reid 发表于 2026-1-28 21:42
给每个Fe原子一个1500~2000的限制势，3个方向都加上，然后用NPT

好，我试一下

牧生 · 发表于 Post on 2026-1-29 11:20:50

实际经验，铁不能用限制，因为仍然会变形。还是得用冻结才能保持不变。

从晶体制造者里面弄出来的铁胞体非常好用，用了冻结，在gmx跑起来，且结合npt毫无问题。

从m$里面弄出来的铁胞，如果放在gmx里面用，无论如何nvt，npt，冻结，也都有问题。

bobchi999 · 发表于 Post on 2026-1-29 11:41:57

reid 发表于 2026-1-28 21:42
给每个Fe原子一个1500~2000的限制势，3个方向都加上，然后用NPT

您好，
我刚试了一下，如果按您说的给所有Fe原子添加限制，在MS里就需要测量每一个Fe原子和相邻三个Fe原子的距离，然后添加限制势。这个操作太繁琐了，只能写Script来实现。
因此我想问一下，您在MS里做过类似操作吗？

bobchi999 · 发表于 Post on 2026-1-29 11:49:17

牧生发表于 2026-1-29 11:20
实际经验，铁不能用限制，因为仍然会变形。还是得用冻结才能保持不变。

从晶体制造者里面弄出来的铁胞体 ...

您好，看来MS里只能冻结+NVT了是吧？
那由于cell尺寸不能变，分子团聚会形成真空层，这大概就是我遇到的情况。
那有什么方法，在MS里可以让水分子的运动更合理呢？

牧生 · 发表于 Post on 2026-1-29 13:12:21

bobchi999 发表于 2026-1-29 11:49
您好，看来MS里只能冻结+NVT了是吧？
那由于cell尺寸不能变，分子团聚会形成真空层，这大概就是我遇到的 ...

我没用过ms干过类似的事情，无法解答

reid · 发表于 Post on 2026-1-29 23:01:03

bobchi999 发表于 2026-1-29 11:41
您好，
我刚试了一下，如果按您说的给所有Fe原子添加限制，在MS里就需要测量每一个Fe原子和相邻三个Fe原 ...

抱歉，没用过MS，我说的是Gromacs

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