请教GROMACS封端以及离子-多肽体系模拟

王涛

我查看GROMACS官方的手册，发现使用 AMBER 力场，由于它不支持 ACE 和 NME。
我想请教一下
1.使用 AMBER 力场时要如何兼容ACE 和 NME？
2.若使用-ter 选项为多肽封端，是以ACE 和 NME完成封端吗？
3.我想做铵根与多肽的动力学模拟，是可以实现的吗？我看网上的教程基本没有做离子的。如果可以的话需要注意什么呢？（比如要选择什么立场）

KazusaT

1. AMBER支持ACE和NME，只是不能在封端时处理，AMBER力场的rtp是有相应参数的
2. -ter时你可以指定封端方式，具体可以看.tdb文件
3. 不懂什么叫网上的教程基本没有做离子的，这当然可以做吧

sobereva

铵根用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件是最佳选择

PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）培训里的“均相体系的模拟与性质的计算”一节讲电解质水溶液模拟的例子里的铵根的itp文件正是用sobtop创建的，非常理想

王涛

sobereva 发表于 2026-2-5 04:00
铵根用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件是最佳选择

PS：北京科音分子动力学与GRO ...

社长您好，请问分子动力学与GROMACS培训班里的“均相体系的模拟与性质的计算”的教学，里面的例子是大分子与单个铵根的的模拟，还是大分子置于铵根溶液（相当于与多个铵根）的模拟？

sobereva

王涛 发表于 2026-2-5 14:46
社长您好，请问分子动力学与GROMACS培训班里的“均相体系的模拟与性质的计算”的教学，里面的例子是大分 ...

不管是哪种，铵根的itp文件都是相同的。参加过此培训、认真把讲的东西都消化了，两种情况100%就都会模拟