求助小分子在水中模拟时出现了C-P键断开的情况

cliff_toca

各位大佬好！
最近使用GROMACS进行小分子在水中的模拟，使用VMD查看轨迹后发现C-P键断裂，目前有一些问题：
1.该问题是拓朴文件的问题还是VMD判断的问题？我是用sobtop进行拓朴文件准备的，小分子itp文件也看到了C-P键的定义 97      98         1        0.183950     2.035934E+05     ; C-P, prebuilt c3-p5
2.从轨迹中看，断开的C与P之间的距离始终保存一致，但角度变化幅度非常大，感觉还是拓扑文件的问题？
感谢！

student0618

拓朴没问题的就是vmd显示的事，先试试representation用dynamic bonds。

cliff_toca

student0618 发表于 2026-2-10 15:14
拓朴没问题的就是vmd显示的事，先试试representation用dynamic bonds。

dynamic bonds看起来也是断的

SharkYYX2025

可以调整右下角distance cutoff, 调大点看看，C-P就是需要调大点


如果调了还是断的，并且你的itp是用基于GAFF得到，可以试试Hessian计算得到。但不是说所有情况都需要Hessian计算得到，参考此贴
Sobtop  http://sobereva.com/soft/Sobtop/

可以看看itp里面，力场方法给的键长和你实际拿量化方法优化的会不会差太多
我个人经验，含有C-P  C-N之类键的小分子，基于GAFF得到itp，有时会模拟崩溃。换成Hessian计算就马上好了。但不绝对

大概率你的itp没问题。如果有问题，那通常一开始就崩了，跑不出较长轨迹

cliff_toca

SharkYYX2025 发表于 2026-2-10 16:25
可以调整右下角distance cutoff, 调大点看看，C-P就是需要调大点

调整cutoff后就显示出来了，感谢小鲨鱼，祝你天天开心！

sobereva

不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

再补充一点，如果你用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html的做法先让VMD载入tpr文件，删除仅有的一帧后再往里面相同ID里载入轨迹，则看到的连接关系会和拓扑文件里[bonds]项定义的相一致

牧生

http://bbs.keinsci.com/thread-46033-1-1.html

如果你确保itp文件是正确的，你可以试试把最终的结果输出为pdb格式