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[综合交流] lammps计算md后统计rdf中配位数提问

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图1和图2的体系都是1M NaPF6 in DME的体系,但是从图中溶剂的配位数分析,1个是3左右,1个是6左右,想问问具体什么含义

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发表于 Post on 2026-2-26 05:54:35 | 只看该作者 Only view this author
你只需要关注配位距离内(如rdf峰后面第一个极小点或者第一次收敛到0的位置,结合实际情况确认意义)的配位数曲线最后的值,甭管最后收敛到多少
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-26 10:07:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-2-26 05:54
你只需要关注配位距离内(如rdf峰后面第一个极小点或者第一次收敛到0的位置,结合实际情况确认意义)的配位 ...

嗯嗯好的老师,这两个图大概都是0.3nm左右为第一溶剂化壳层,这个位置做垂线,第一个图DME的CN大概为6左右,对应6个O参与溶剂化配位,第二个图dme的cn大概对应3左右,只有3个O参与溶剂化配位。但是这两篇文章给出的溶剂化结构都是三个dme螯合配位Na离子。我个人初步猜测的是,cn为3的是不是把1个dme的两个O统计为1个。想请问老师这种想法对不对

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发表于 Post on 2026-2-26 16:30:06 | 只看该作者 Only view this author
GHR1111 发表于 2026-2-26 10:07
嗯嗯好的老师,这两个图大概都是0.3nm左右为第一溶剂化壳层,这个位置做垂线,第一个图DME的CN大概为6左 ...

也许是,拿不准就发邮件问作者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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