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[Gaussian/gview] (已更新)linux 集群无法调用cubegen 绘制MO, cube 文件空白

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本帖最后由 LGC020305 于 2017-5-13 01:09 编辑

任务(opt+freq)是在linux HPC集群上完成的,想看一下MO, 结果出问题了第一步:formchk 产生1.fchk,命令如下--正常
/public/apps/gaussian/g09/formchk 1.chk 1.fchk
第二步,cubegen --出问题了, 命令如下,110.mo.cube 打开是空白。。。。
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 mo=110 1.fchk 110.mo.cube -2 h
试了一下density, 结果density.cube 打开也是空白
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 density=scf 1.fchk density.cube -2 h

求助大仙。。。

update 05-12-17
问题找到了, 打开.cube 的软件出问题了
linux HPC集群命令都正确
1. formchk 1.chk 1.fchk
/public/apps/gaussian/g09/formchk 1.chk 1.fchk
2. cubegen MO
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 mo=110 1.fchk 110.mo.cube -2 h
3.cubegen spin
/public/apps/gaussian/g09/cubegen 0 spin=scf 1.fchk spin.cube -2 h

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发表于 Post on 2017-5-12 06:36:47 | 只看该作者 Only view this author
用multiwfn多好,速度比cubegen快得多,对大体系快两个数量级以上,还方便得多
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-12 10:10:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 LGC020305 于 2017-5-13 01:02 编辑
sobereva 发表于 2017-5-12 06:36
用multiwfn多好,速度比cubegen快得多,对大体系快两个数量级以上,还方便得多
使用Multiwfn观看分子轨道
...

感谢sob老师的解答。Multiwfn一直有在用
顺便问一下,Multiwfn能做3D的spin density图吗?

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发表于 Post on 2017-5-12 10:44:12 | 只看该作者 Only view this author
LGC020305 发表于 2017-5-12 10:10
感谢sob老师的解答。Multiwfn一直有在用
顺便问一下,Multiwfn能做3D的spin density图吗?
然后Linux  ...


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-12 22:17:39 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2017-5-13 11:35:18 | 只看该作者 Only view this author
LGC020305 发表于 2017-5-12 10:10
感谢sob老师的解答。Multiwfn一直有在用
顺便问一下,Multiwfn能做3D的spin density图吗?

更详细的看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2017-7-23 17:35:53 | 只看该作者 Only view this author
下午好,向大家请教两个问题:
1.溶剂条件下优化构型,可以以气相条件下已经优化好了的构型作为初猜么?
2.请问如何得到溶剂条件下分子的能隙呢?

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发表于 Post on 2017-7-23 17:49:32 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2017-7-23 17:35
下午好,向大家请教两个问题:
1.溶剂条件下优化构型,可以以气相条件下已经优化好了的构型作为初猜么?
...

1. 可以

2. 如果你是指HOMO-LUMO gap,优化完把fchk文件拖到Multiwfn里就能看到
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发表于 Post on 2017-7-24 15:58:53 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-7-23 17:49
1. 可以

2. 如果你是指HOMO-LUMO gap,优化完把fchk文件拖到Multiwfn里就能看到

恩恩,谢谢啦
另外,请问自定义溶剂时,溶剂的性质是空一行写在坐标的后面还是空一行写在命令的后面呢?

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发表于 Post on 2017-7-24 16:11:36 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2017-7-24 15:58
恩恩,谢谢啦
另外,请问自定义溶剂时,溶剂的性质是空一行写在坐标的后面还是空一行写在命令的后面 ...


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发表于 Post on 2017-7-25 19:24:05 | 只看该作者 Only view this author

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