求助：模拟小分子在纤维素体系扩散，不同温度下体系密度相差很大

hhcs · 发表于 Post on 9 hour ago

本帖最后由 hhcs 于 2026-3-9 09:56 编辑

大家好，刚接触GROMACS不久，在模拟小分子物质在纤维素体系下扩散时候遇到以下问题：
最开始使用2018版本进行模拟，由于单独的PR压浴总是报错，故选择了先进行了500Ps的NVT模拟后面进行了50ns的NPT（看过公众号社长对什么时候用NVT,NPT进行了说明，但直接用NPT总会报错，所以还是先进行了NVT）。但模拟得到的MSD结果不符合温度越高，MSD斜率越大条件，并且在尾端出现了MSD下降的情况；故考虑换更稳定的 C-rescale压浴进行模拟尝试，选择了2025版本，得到的MSD如图1所示。

通过gmx energy命令检查了358K多个参数是平衡的，故选择了20ns-25ns之间计算斜率，如图2。但考察了所有体系的体积和压力时，与358K相差很大，有的竟未平衡如图3，2018版本时候密度都在十几纳米时候都已经稳定在了1400左右。另外50ns后盒子快照如图4.5

体系组成为：5条高分子链；11个小分子A，28个小分子B，总原子数为6000+。
具体的mdp文件如附件，不同模拟条件只是更改了温度。

npt.txt (1.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

nvt.txt (1.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
不知道该如何排查，还请各位大佬多多指教。

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