聚合物限制性剪切建模问题

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1.建立环氧树脂和固化剂AC packing盒子，然后交联之前加30真空层，交联完成以后再删除真空层（第一次交联后做界面建模有原子断开，所以调整了方法）
2.对盒子采用结构优化，收敛，然后进行ANNEAL NVT系综（五次循环，300-500k，600ps退火），抽出结果中能量最低结构，继续进行NPT动力学弛豫，298k，标准大气压，500ps过程。
3.抽出最低能量构型，跟铁分子建立LAYER两层，做界面吸附，没有聚合物原子断开。抽出最低能量构型，跟铁分子建立LAYER三层做限制性剪切
但是抽出最低能量构型，跟铁分子建立LAYER三层做限制性剪切，建模结果聚合物有原子断开，百思不得其解，还望指教