请教蛋白结构的单双键错误会不会影响GMX结果

王涛 · 发表于 Post on 5 hour ago

生成任意序列的封端短肽pdb的脚本CappedPeptideBuilder.py
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=84268
(出处: 计算化学公社)
我采用帖子里的脚本生成了我想要的肽序列，进行了ACE与NME封端操作
我用Pymol查看结构时，发现里面有些氧双键显示成了氧单键
我想请问用这个结构去做分子对接，再拿去做分子动力学，结果是否会正确呢？

student0618 · 发表于 Post on 4 hour ago

那是可视化软件如pymol 按距离判断的事，和gmx无关。gmx只看力场参数，而力场参数没单双键这事，只有成键参数。

tptp · 发表于 Post on 4 hour ago

单键还是双键无所谓的，氢原子的数目需要对好，别本来应该是双键的氧，然后你给加一个氢，那就不合理了

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[GROMACS] 请教蛋白结构的单双键错误会不会影响GMX结果