求助，进行蛋白质配体复合物模拟，底物的RMSD的数值波动很大

卡卡-14

各位老师好，我最近在进行蛋白质配体复合物模拟，在进行配体【BV1】相对于【Protein】的RMSD值分析的过程中，前三十秒RMSD值还平稳的，之后就会出现RMSD值的突跃


尝试了【 -pbc mol -center】和【 -pbc cluster -center】之后，效果都一样。
配体会突然从蛋白中跑出来，而且没有跨盒子。

我在学习
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632

这篇sob老师的帖子之后，感觉和我的情况不是很符合。小分子这一帧还在分子口袋里面，下一帧就跑到蛋白质外面了。
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2026-3-13 15:34 上传 Uploaded

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请问有各位老师遇到类似情况的吗？该怎么处理？会不会是我一开始gmx editconf盒子的时候，盒子太小了？
或者是因为整体跑出盒子了？

student0618

pbc cluster时要选蛋白+配体的组，先别center