请问在使用gromacs对蛋白-蛋白复合物进行真空中能量最小化时报错

keeper14335

我在使用gromacs对蛋白-蛋白复合体进行对接时出现以下图中报错该怎么处理，我是按照教程走的，在进行真空中能量最小化时出现报错；同时我也参考了网上的其他教程，先添加离子再进行能量最小化就不会出现出现这种报错，现在我有两个疑问：
首先，我是应该按照教程中先进行能量最小化再添加离子，在出现报错时使用-maxwarn指令忽略上述报错，还是应该按照网络上其他教程走呢？
其次，如果按教程走会对结果造成什么影响，在我计算mmpbsa时会不会导致静电作用能从负值变为正值（或从正值变为负值），然后导致最后计算的结合自由能出现较大偏差？
希望得到各位老师解惑！
我使用的命令为：gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr；
以下三张图片分别是em-vac-pme.mdp文件的内容和报错的内容：

student0618

没什么必要在真空跑的，一般直接加水和抗衡离子来跑em就可以了。

sobereva

真空下做蛋白质的能量极小化毫无意义，如果有哪个教程让你这么做完全就是误导。实际的真空下和水环境下蛋白质残基的质子化状态完全不同，而如果直接用水环境的质子化状态（很多残基带电）在真空下做计算，那是极为不稳定的，就算不报错结果也毫无意义，构象可能都严重破坏了。

顺带一提，如果想完全正确地且十分全面系统地学习怎么做模拟，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）是最好学习渠道。网上很多教程净是误人子弟的，内容还零七八碎，不具体也不系统

keeper14335

student0618 发表于 2026-3-13 23:51
没什么必要在真空跑的，一般直接加水和抗衡离子来跑em就可以了。

好的，感谢老师

keeper14335

sobereva 发表于 2026-3-14 07:59
真空下做蛋白质的能量极小化毫无意义，如果有哪个教程让你这么做完全就是误导。实际的真空下和水环境下蛋白 ...

明白了，感谢老师