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[GROMACS] 请教周期退火是否需要多次预平衡

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楼主
我是参考一篇文献的方法步骤《Simulated Annealing Molecular Dynamics and Ligand–Receptor Contacts Analysis for Pharmacophore Modeling》
文章里面的步骤原文为:
the temperature of the system was raised linearly in the heating phase from 0 to 310 K over 620,000 steps via a time step of 0.0005 ps. Subsequently, the system was equilibrated over 1 ns. This was followed by 100 cycles of SAMD (60 ps/cycle). Each SAMD cycle included a heating phase to 1200 K over 8 ps, maintenance of the temperature at 1200 K over 12 ps, then cooling to 0 K over 40 ps.
我理解的操作流程为:
系统从0K升到310K,然后在310K平衡1ns。平衡结束就开始模拟退火循环,从310K升到1200K,然后1200K保持12ps,再用40ps从1200K降低到0K。
我想请教的问题是:
当第一次循环在0K结束时,开始第二次循环时,还需不需要在310K平衡1ns呢?还是直接从0K升到1200K呢?

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